1. EPMO Open Source Coordination Office Redaction File Detail Report

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1.1 Files compared

# Location File Last Modified
1 Thu Dec 21 23:15:04 2017 UTC
2 Genisis_2.0_v7_bld7.zip\Build 7 Genisis2_VIP_Build 7_Deployment_Guide_12152017.docx Thu Dec 21 22:33:16 2017 UTC

1.2 Comparison summary

Description Between
Files 1 and 2
Text Blocks Lines
Unchanged 0 0
Changed 0 0
Inserted 1 951
Removed 0 0

1.3 Comparison options

Whitespace
Character case Differences in character case are significant
Line endings Differences in line endings (CR and LF characters) are ignored
CR/LF characters Not shown in the comparison detail

1.4 Active regular expressions

No regular expressions were active.

1.5 Comparison detail

        1   Deployment  Guide
        2  
        3   Genomic In formation  System for  Integrate d Science  2 (Genisis 2) Technic al Service s
        4   Build 7
        5  
        6  
        7  
        8  
        9  
        10  
        11  
        12  
        13  
        14  
        15  
        16  
        17  
        18   December 2 017
        19  
        20   Document V ersion 6.0
        21  
        22   Department  of Vetera ns Affairs
        23  
        24   Document R evision Hi story
        25  
        26  
        27   Date
        28   Revision
        29   Descriptio n
        30   Author
        31   02/10/2017
        32   1.0
        33   Build 1 up dates.
        34   Booz Allen  Hamilton
        35   05/12/2017
        36   2.0
        37   Build 2 up dates.
        38   Booz Allen  Hamilton
        39   06/16/2017
        40   3.0
        41   Build 3 up dates.
        42   Booz Allen  Hamilton
        43   09/15/2017
        44   4.0
        45   Build 4 up dates.
        46   Booz Allen  Hamilton
        47   11/03/2017
        48   5.0
        49   Build 5 up dates.
        50   Booz Allen  Hamilton
        51   11/24/2017
        52   6.0
        53   Build 7 up dates.
        54   Booz Allen  Hamilton
        55  
        56   Table of C ontents
        57  
        58   Introducti on1
        59   Genisis Da ta Request  Workflows  Architect ure1
        60   Genisis Te rminology  Services A rchitectur e2
        61   Genisis2 W eb Applica tion Serve r Setup3
        62   Setup the  Project on  Remote Se rver (VA E nvironment )3
        63   nisis Data  Request W orkflow –  Apache HTT P Setup3
        64   nisis Term inology Se rvices – A pache HTTP  Setup5
        65   Steps to C onfigure I nternet Ex plorer for  PIV Authe ntication8
        66   Genisis2 S ervices Se rver Setup 10
        67   Services S etup for G enisis Dat a Request  Workflows1 0
        68   oxy Apache  Server Se tup10
        69   Wildfly Ap plication  Server Set up11
        70   Services S etup for G enisis Ter minology S ervices12
        71   cat Server  Setup12
        72   Install To mcat12
        73   Jena/Fusek i Setup21
        74   SOLR Setup 23
        75   Database S etup24
        76   Genisis Da ta Request  Workflows  Database  Setup24
        77   base Names 24
        78   base Schem a24
        79   st of Tabl es within  the Databa se24
        80   rs Recogni zed by the  Database2 5
        81   ase Script s25
        82   4.2 Genisi s Terminol ogy Servic es Databas e Setup25
        83   4.2.1 Data base Names 25
        84   4.2.2. Dat abase Sche ma25
        85   sers Recog nized by t he Databas e25
        86   base Scrip ts26
        87   Genisis Da ta Request  Workflow  - Data Ope rations Se tup26
        88   How the Ta ble Copy P rocess Wor ks26
        89   Setting up  Linux Env ironment26
        90   Setting up  Windows S QL Server  Management  Server26
        91   Setting up  the Sourc e Server27
        92   Setting up  the Desti nation Ser ver28
        93   Test Reach ability Be tween Serv ers28
        94   Genisis Da ta Request  Workflow  - Upgradin g from Bui ld 3 to Bu ild 429
        95   Deploy Gen isis2 Angu lar Applic ation29
        96   Update Gen isis2 Data bases29
        97   Deploy Gen isis2 Serv ices Appli cation29
        98  
        99  
        100   Introducti on
        101   Genisis Da ta Request  Workflows  Architect ure
        102   The Genisi s2 Deploym ent Guide  describes  in detail  how to ins tall Genis is2 applic ations in  the SQA, P rePROD, an d PROD env ironments.  The Genis is2 Applic ation Arch itecture f or Data Re quest Work flows is s hown in Fi gure 1.
        103  
        104  
        105   VA Intrane t
        106  
        107  
        108  
        109   Figure 1:  Genisis2 A pplication  Architect ure for Da ta Request  Workflows
        110  
        111  
        112   In order t o proceed  with the i nstallatio n, the two  Red Hat L inux serve rs should  have the f ollowing i nstalled o r at least  have perm issions to  install:
        113   Apache Web server
        114   Open SSL
        115   SSL certif icates tha t need to  be install ed on two  Apache (An gular and  Proxy) ser vers
        116   Wildfly 10 .0.0-Final  Applicati on Server
        117   JDK 1.8.0_ 92 or abov e
        118   Other arti facts that  are requi red to pro ceed with  this insta llation ar e as follo ws:
        119   Environmen t Properti es files:
        120   env.js for  Angular w eb applica tion
        121  
        122   genisis2.p roperties  for Servic es applica tion
        123   Applicatio n Help zip  file
        124   Angular ap plication  Release zi p artifact
        125   Services a pplication  Release w ar artifac t
        126   Database S cripts Rel ease Zip a rtifact
        127   dataTableC opy.sh she ll script  file
        128  
        129   Genisis Te rminology  Services A rchitectur e
        130   The Genisi s2 Applica tion Archi tecture fo r Terminol ogy Servic es is show n in Figur e 2.
        131  
        132  
        133   VA Intrane t
        134  
        135  
        136  
        137   Port 80Cen tos/RedHat  Linux
        138  
        139  
        140  
        141  
        142  
        143  
        144  
        145  
        146  
        147  
        148  
        149   Web Server / Applicat ion Server  Running
        150   Apache HTT P
        151   Tomcat
        152   Jena/Fusek i
        153   SOLR
        154   Database S erver
        155   Windows Se rver 2008  R2
        156   Microsoft  SQL Server  2012
        157  
        158  
        159  
        160   Figure 2:  Genisis2 A pplication  Architect ure for Te rminology  Services
        161  
        162  
        163   In order t o proceed  with the i nstallatio n, the Red  Hat Linux  server sh ould have  the follow ing instal led or at  least have  permissio ns to inst all:
        164   Apache Web server
        165   Open SSL
        166   SSL certif icates tha t need to  be install ed on two  Apache (An gular and  Proxy) ser vers
        167   Tomcat 9.0 -Final App lication S erver
        168   JDK 1.8.0_ 92 or abov e
        169   Apache Jen a 3.4.0
        170   Apache SOL R 6.0.0
        171  
        172   Other arti facts that  are requi red to pro ceed with  this insta llation ar e as follo ws:
        173   Environmen t Properti es files:
        174   env.js for  Angular w eb applica tion
        175   Applicatio n Help zip  file
        176   Angular ap plication  Release zi p artifact
        177   Services a pplication  Release w ar artifac t
        178   Database S cripts Rel ease Zip a rtifact
        179  
        180   Genisis2 W eb Applica tion Serve r Setup
        181   Setup the  Project on  Remote Se rver (VA E nvironment )
        182   Genisis Da ta Request  Workflow  – Apache H TTP Setup
        183   Assuming V A Linux bo xes are Re d Hat, the n follow t his instru ction. If  provisione d a separa te server  with anoth er operati ng system,  follow up  with your  System Ad ministrato r.
        184   System Lev el Require ments:
        185   $ sudo yum  update
        186   $ sudo yum  search ht tpd
        187   Select the  correct h ttpd distr o provided  by VA RPM  repositor y
        188   $ sudo yum  install h ttpd.<vers ion>
        189   If it alre ady states  installed , ignore a nd move on .
        190   Configure  HTTPD:
        191   Make sure  /var/www i s owned by  root and  assigned c orrect pri vileges
        192   chown -Rf  root:apach e /var/www
        193   Create dir ectory for  the Angul arJS web a pplication
        194   mkdir /var /www/domai n.va.gov
        195   mkdir /var /www/domai n.va.gov/w ebroot
        196   mkdir /var /www/domai n.va.gov/l ogs
        197   chown -Rf  root:apach e /var/www /domain.va .gov
        198   Set permis sions chmo d -Rf 775  /var/www
        199   Copy Angul arJS Appli cation to  /var/www/d omain.va.g ov/webroot
        200   Make sure  /var/www/d omain.va.g ov/webroot /help/env. js is pres ent
        201   Make sure  the json k ey value f or keyname  ‘apiURL’  is populat ed with th e url for  the wildfl y applicat ion server .
        202   Request an d Install  domain.va. gov SSL Ce rtificates
        203   Make sure  private ke y is place d in /etc/ pki/privat e/domain.v a.gov.key
        204   Make sure  certificat e is place d in /etc/ pki/certs/ domain.va. gov.crt
        205  
        206   Retrieve r oot certif icate bund le and ins tall
        207   /etc/pki/t ls/certs/c a-bundle.c rt
        208   Setup Apac he for dom ain
        209   Edit /etc/ httpd/conf .d/vhosts. conf as Fo llows:
        210   <VirtualHo st *:80> R ewriteEngi ne on
        211   RewriteCon d %{SERVER _PORT} !^4 43$
        212   RewriteRul e ^/(.*) h ttps://%{H TTP_HOST}/ $1 [NC,R=3 01,L]
        213   </VirtualH ost>
        214  
        215  
        216   NameVirtua lHost *:44 3
        217   <VirtualHo st *:443>
        218   ServerAdmi nadmin@dom ain.va.gov  DocumentR oot/var/ww w/domain.v a.gov/webr oot Server Namedomain .va.gov
        219   ServerAlia swww.domai n.va.gov
        220   ErrorLog/v ar/www/dom ain.va.gov /logs/doma in.va.gov_ error_log  CustomLog/ var/www/do main.va.go v/logs/dom ain.va.gov _access_lo g
        221   common
        222   CustomLog/ var/www/do main.va.go v/logs/dom ain.va.gov _ssl_reque st_log "%t  %h %{SSL_ PROTOCOL}x  %{SSL_CIP HER}x %{SS L_CLIENT_S _DN}x
        223   \"%r\" %b"
        224  
        225   # activate  HTTPS on  the revers e proxy SS LEngine On
        226   SSLCertifi cateFile/e tc/pki/tls /certs/dom ain.va.gov .crt SSLCe rtificateK eyFile /et c/pki/tls/ private/do main.va.go v.key SSLP rotocol -a ll +TLSv1  +TLSv1.1 + TLSv1.2 SS LCipherSui te
        227   EKL
        228  
        229   # activate  the clien t certific ate authen tication S SLCACertif icateFile  /etc/pki/t ls/certs/c a-bundle.c rt SSLVeri fyClient r equire
        230   SSLVerifyD epth 3
        231  
        232   # initiali ze the spe cial heade rs to a bl ank value  to avoid h ttp header  forgeries  Header se t SSL_CLIE NT_S_DN""
        233   Header set  SSL_CLIEN T_I_DN"" H eader set  SSL_SERVER _S_DN_OU " " Header s et SSL_CLI ENT_VERIFY   ""
        234  
        235   <Location  />
        236   # add all  the SSL_*  you need i n the inte rnal web a pplication  Header se t SSL_CLIE NT_S_DN "% {SSL_CLIEN T_S_DN}s"  Header set  SSL_CLIEN T_I_DN "%{ SSL_CLIENT _I_DN}s"
        237   Header set  SSL_SERVE R_S_DN_OU  "%{SSL_SER VER_S_DN_O U}s" Heade r set SSL_ CLIENT_VER IFY "%{SSL _CLIENT_VE RIFY}s"
        238   </Location >
        239  
        240   </VirtualH ost>
        241  
        242   Installing  Genisis2W EB:
        243   Get the ap propriate  release ve rsions fro m the dev  team for t his releas e
        244   Go to the  url: http: //genisis2 0-nexus.bo ozallencsn .com/nexus /
        245   Click on l ogin on to p right si de and ent er the fol lowing cre dentials:
        246   Username:  AI
        247   Password:  AI
        248   Then go to  the follo wing url:  http://gen isis20- ne xus.boozal lencsn.com /nexus/con tent/repos itories/
        249   Be sure to  be off of  VA VPN. T he above l ink will n ot work in  VA VPN.
        250   SFTP Relea se version  to Server , in any m eans acces sible by y ou. SFTP w ill direct  to
        251   /home/<use r>/ - so f rom there  unzip the  file.
        252   $ unzip <G enisis2Web  Zip> /var /www/domai n.va.gov/w ebroot
        253   $ sudo mkd ir help
        254   SFTP help. zip file t o Server,  in any mea ns accessi ble by you . SFTP wil l direct t o
        255   /home/<use r>/ - so f rom there  unzip the  file.
        256   $ unzip <G enisis2Web  Help Zip>  /var/www/ domain.va. gov/webroo t/help
        257   Copy env.j s file pro vided unde r /var/www /domain.va .gov/webro ot/help
        258   Restart Ap ache (serv ice httpd  restart)
        259  
        260  
        261   Genisis Te rminology  Services –  Apache HT TP Setup
        262   Assuming V A Linux bo xes are Re d Hat, the n follow t his instru ction. If  provisione d a separa te server  with anoth er operati ng system,  follow up  with your  System Ad ministrato r.
        263   System Lev el Require ments:
        264   $ sudo yum  update
        265   $ sudo yum  search ht tpd
        266   Select the  correct h ttpd distr o provided  by VA RPM  repositor y
        267   $ sudo yum  install h ttpd.<vers ion>
        268   If it alre ady states  installed , ignore a nd move on .
        269  
        270   Configure  HTTPD:
        271   Make sure  /var/www i s owned by  root and  assigned c orrect pri vileges
        272   chown -Rf  root:apach e /var/www
        273   Create dir ectory for  the Angul arJS web a pplication
        274   mkdir /var /www/domai n.va.gov
        275   mkdir /var /www/domai n.va.gov/w ebroot
        276   mkdir /var /www/domai n.va.gov/l ogs
        277   chown -Rf  root:apach e /var/www /domain.va .gov
        278   Set permis sions chmo d -Rf 775  /var/www
        279   Copy Angul arJS Appli cation to  /var/www/d omain.va.g ov/webroot
        280   Make sure  /var/www/d omain.va.g ov/webroot /help/env. js is pres ent
        281   Make sure  the json k ey value f or keyname  ‘apiURL’  is populat ed with th e url for  the wildfl y applicat ion server .
        282   Request an d Install  domain.va. gov SSL Ce rtificates
        283   Make sure  private ke y is place d in /etc/ pki/privat e/domain.v a.gov.key
        284   Make sure  certificat e is place d in /etc/ pki/certs/ domain.va. gov.crt
        285   Retrieve r oot certif icate bund le and ins tall
        286   /etc/pki/t ls/certs/c a-bundle.c rt
        287   Setup Apac he for dom ain
        288   Edit /etc/ httpd/conf .d/vhosts. conf as Fo llows:
        289   <VirtualHo st *:80> R ewriteEngi ne on
        290   RewriteCon d %{SERVER _PORT} !^4 43$
        291   RewriteRul e ^/(.*) h ttps://%{H TTP_HOST}/ $1 [NC,R=3 01,L]
        292   </VirtualH ost>
        293  
        294  
        295   NameVirtua lHost *:44 3
        296   <VirtualHo st *:443>
        297   ServerAdmi nadmin@dom ain.va.gov  DocumentR oot/var/ww w/domain.v a.gov/webr oot Server Namedomain .va.gov
        298   ServerAlia swww.domai n.va.gov
        299   ErrorLog/v ar/www/dom ain.va.gov /logs/doma in.va.gov_ error_log  CustomLog/ var/www/do main.va.go v/logs/dom ain.va.gov _access_lo g
        300   common
        301   CustomLog/ var/www/do main.va.go v/logs/dom ain.va.gov _ssl_reque st_log "%t  %h %{SSL_ PROTOCOL}x  %{SSL_CIP HER}x %{SS L_CLIENT_S _DN}x
        302   \"%r\" %b"
        303  
        304   # activate  HTTPS on  the revers e proxy SS LEngine On
        305  
        306   SSLCertifi cateFile/e tc/pki/tls /certs/dom ain.va.gov .crt SSLCe rtificateK eyFile /et c/pki/tls/ private/do main.va.go v.key SSLP rotocol -a ll +TLSv1  +TLSv1.1 + TLSv1.2 SS LCipherSui te
        307   EKL
        308  
        309   # activate  the clien t certific ate authen tication S SLCACertif icateFile  /etc/pki/t ls/certs/c a-bundle.c rt SSLVeri fyClient r equire
        310   SSLVerifyD epth 3
        311  
        312   # initiali ze the spe cial heade rs to a bl ank value  to avoid h ttp header  forgeries  Header se t SSL_CLIE NT_S_DN""
        313   Header set  SSL_CLIEN T_I_DN"" H eader set  SSL_SERVER _S_DN_OU " " Header s et SSL_CLI ENT_VERIFY   ""
        314  
        315   <Location  />
        316   # add all  the SSL_*  you need i n the inte rnal web a pplication  Header se t SSL_CLIE NT_S_DN "% {SSL_CLIEN T_S_DN}s"  Header set  SSL_CLIEN T_I_DN "%{ SSL_CLIENT _I_DN}s"
        317   Header set  SSL_SERVE R_S_DN_OU  "%{SSL_SER VER_S_DN_O U}s" Heade r set SSL_ CLIENT_VER IFY "%{SSL _CLIENT_VE RIFY}s"
        318   </Location >
        319  
        320   </VirtualH ost>
        321  
        322  
        323   Steps to C onfigure I nternet Ex plorer for  PIV Authe ntication
        324  
        325   Open your  Web Browse r (e.g. In ternet Exp lorer)
        326   Go to the  Tools Menu  (gear sha ped icon i n upper ri ght corner )
        327  
        328  
        329  
        330  
        331  
        332   Select the  Internet  Options me nu in the  Tools Menu
        333   Select the  Advanced  tab
        334  
        335  
        336  
        337  
        338  
        339  
        340  
        341   Make sure  the SSL 2. 0 and SSL  3.0 boxes  are unchec ked
        342   Make sure  the TLS 1. 0, TLS 1.1 , and TLS  1.2 are ch ecked
        343   Make sure  the “check  for publi sher’s cer tificate r evocation”  is unchec ked
        344   Close out  and re-ope n Internet  Explorer  and retry  authentica tion to th e target a pplication
        345  
        346  
        347   Genisis2 S ervices Se rver Setup
        348   Services S etup for G enisis Dat a Request  Workflows
        349   There are  two severs  that need  to be set up. One is  Apache, w hich redir ects all t he request s to the W ildfly App lication S erver.
        350  
        351   oxy Apache  Server Se tup
        352   Make sure  /var/www i s owned by  root and  assigned c orrect pri vileges
        353   Chown -Rf  root:apach e /var/www
        354   Create dir ectory for  the Proxy  web appli cation
        355   mkdir /var /www/domai n.va.gov
        356   mkdir /var /www/domai n.va.gov/w ebroot
        357   Mkdir /var /www/domai n.va.gov/l ogs
        358   Chown -Rf  root:apach e /var/www /domain.va .gov
        359   Set permis sions chmo d -Rf 775  /var/www
        360   Copy Proxy  Applicati on to /var /www/domai n.va.gov/w ebroot
        361   Request an d Install  domain.va. gov SSL Ce rtificates .
        362   Make sure  private ke y is place d in /etc/ pki/privat e/domain.v a.gov.key
        363   Make sure  certificat e is place d in /etc/ pki/certs/ domain.va. gov.crt
        364   Setup Apac he for dom ain Proxy
        365   Edit /etc/ httpd/conf .d/vhosts. conf as Fo llows:
        366   <VirtualHo st *:80> R ewriteEngi ne on
        367   RewriteCon d %{SERVER _PORT} !^4 43$
        368   RewriteRul e ^/(.*) h ttps://%{H TTP_HOST}/ $1 [NC,R=3 01,L]
        369   </VirtualH ost>
        370  
        371   <VirtualHo st *:443>
        372   ServerAdmi nadmin@dom ain.va.gov  DocumentR oot/var/ww w/domain.v a.gov/webr oot Server Namedomain .va.gov
        373   ServerAlia swww.domai n.va.gov E rrorLog
        374   /var/www/d omain.va.g ov/logs/do main.va.go v_error_lo g CustomLo g
        375   /var/www/d omain.va.g ov/logs/do main.va.go v_access_l og common  CustomLog
        376   /var/www/d omain.va.g ov/logs/do main.va.go v_ssl_requ est_log"%t  %h
        377   %{SSL_PROT OCOL}x %{S SL_CIPHER} x$
        378  
        379   # activate  HTTPS on  the revers e proxy
        380  
        381   SSLEngine  On
        382   SSLCertifi cateFile/e tc/pki/tls /certs/dom ain.va.gov .crt SSLCe rtificateK eyFile /et c/pki/tls/ private/do main.va.go v.key SSLP rotocol -a ll +TLSv1  +TLSv1.1 + TLSv1.2 SS LCipherSui te
        383   EKL
        384  
        385   ProxyPass  "/"  "http ://localho st:PORT/"  ProxyPass  "/Genisis2 Services"
        386   "http://lo calhost:PO RT/Genisis 2Services/ " ProxyPas sReverse " /Genisis2S ervices"
        387   "http://lo calhost:PO RT/Genisis 2Services/ "
        388  
        389   #Wildfly a dmin conso le access
        390   ProxyPass  "/console"  "http://l ocalhost:P ORT/consol e" ProxyPa ssReverse  "/console"  "http://l ocalhost:P ORT/consol e"
        391  
        392   ProxyPass  "/manageme nt" "http: //localhos t:PORT/man agement" P roxyPassRe verse "/ma nagement"
        393   "http://12 7.0.0.1:PO RT/managem ent"
        394  
        395   </VirtualH ost>
        396  
        397   a)  Restar t Apache ( service ht tpd restar t)
        398  
        399   Wildfly Ap plication  Server Set up
        400   Download t he Wildfly  applicati on 10.0.0- Final zip  file from  wildfly.or g/download s
        401   Download a nd install  JDK 1.8.0 _92 and in stall it u nder /opt/ JDK_1.8.0_ 92
        402   Set JAVA_H OME variab le to poin t to bin d irectory i n java ins tallation  folder
        403   Under /opt  directory  create wi ldfly dire ctory
        404   mkdir wild fly
        405   Set permis sions chmo d 775 -R / opt/wildfl y
        406   Unzip the  downloaded  Wildfly z ip file to  /opt/wild fly direct ory
        407   You should  now see a  “standalo ne” direct ory under  your wildl fy home
        408   Copy the g ensis2.pro perties un der /opt/w ildfly/sta ndalone/co nfiguratio n director y
        409   Open genis is2.proper ties file  using vim  and enter  correct va lues perta ining to t he environ ment on wh ich the ap plication  is being i nstalled
        410   Reach out  to the dev elopment t eam for th e correct  values to  be filled  for each p roperty li sted in th e genisis2 .propertie s file
        411   SFTP Relea se version  to Server  by any me ans access ible by yo u. SFTP wi ll direct  to
        412   /home/<use r>/
        413  
        414   Copy the w ar file to  /opt/wild fly/standa lone/deplo yments fol der
        415   sudo cp /h ome/<user> / Genisis2 Services.w ar /opt/wi ldfly/stan dalone/dep loyments
        416   Before sta rting the  server, ma ke sure th at databas e setup is  complete  and the pr operty
        417   Start the  wildfly se rver
        418   nohup /opt /wildfly/b in/standal one.sh &
        419  
        420  
        421   Services S etup for G enisis Ter minology S ervices
        422   For Termin ology Serv ices, the  Webserver  and the Ap plication  Server are  one and t he same. T he followi ng service s need to  be set up  here for T erminology  Services
        423   Tomcat Ser ver Setup  Install To mcat
        424   Install Ap ache Tomca t using th e followin g installe r to the d rive and f older wher e needed.   https://t omcat.apac he.org/dow nload-80.c gi
        425  
        426   Add the fo llowing ja r to <tomc at-home>/l ib – mssql -jdbc-6.2. 1.jre8.jar
        427  
        428  
        429   Create <to mcat-home> /conf/term service.pr operties a nd add the  following  contents
        430   #Mapping S ervice URI s ts.ms.cr eate.conce pt.mapping .uri=http: //localhos t:PORT/Map pingServic e/mappings
        431   ts.ms.get. concept.ma pping.conc ept.uri=ht tp://local host:PORT/ MappingSer vice/mappi ngs? conce ptUri={con ceptUri}
        432  
        433  
        434   #Bookmarki ng Service  URIs ts.m s.create.b ook.marks. uri=http:/ /localhost :PORT/Book markingSer vice/bookm arks
        435   ts.ms.crea te.book.ma rks.with.l abel.uri=h ttp://loca lhost:PORT /Bookmarki ngService/ bookm arks /{id}/labe ls
        436   ts.ms.get. book.marks .by.userna me.uri=htt p://localh ost:PORT/B ookmarking Service/bo okm arks/{ username}
        437   ts.ms.get. book.marks .by.label. uri=http:/ /localhost :PORT/Book markingSer vice/bookm arks/ labe ls/{label}
        438   ts.ms.get. book.marks .label.by. username.u ri=http:// localhost: PORT/Bookm arkingServ ice/l abel s/{usernam e}
        439  
        440   ts.ms.dele te.book.ma rks.by.id. uri=http:/ /localhost :PORT/Book markingSer vice/bookm arks/
        441   {id}
        442   ts.ms.get. book.mark. by.id=http ://localho st:PORT/Bo okmarkingS ervice/boo kmarks/{id }
        443   ts.ms.dele te.book.ma rks.by.lab el.uri=htt p://localh ost:PORT/B ookmarking Service/bo okmar ks/{ id}/labels /{labelNam e}
        444  
        445  
        446   #SOLR
        447   solr.searc h.service. endpoint=h ttp://IP:P ORT/solr/f useki
        448   #solr.sear ch.service .endpoint= http://IP: PORT/solr/ fuseki/ts? wt=json&fl =id,Label
        449   ,Definitio n&q=Diabet es&start=% s
        450  
        451  
        452  
        453   #SPARQL Qu eries ts.s parql.endp oint=http: //IP:PORT/ ds/sparql  ts.sparql. endpoint.u pdate=http ://IP:PORT /ds/update  concept.n ame.sparql .query=sel ect (str(? name) as ? strname) \
        454   where { ?s ubject ?p  ?name; FIL TER(?subje ct = <%s>  && ( \
        455   ?p = <http ://www.w3. org/2000/0 1/rdf-sche ma#label>  || \
        456   ?p = <http ://rdf.cdi sc.org/ct/ schema#cdi scSubmissi onValue> | | \
        457   ?p = <http ://www.w3. org/2004/0 2/skos/cor e#prefLabe l> \
        458   )) }
        459   concept.na me.query.h eadvar.nam e=strname
        460  
        461  
        462   concept.su btype.spar ql.query=s elect ?chi ld_uri ?ch ild_name \
        463   where { ?c hild_uri < http://www .w3.org/20 00/01/rdf- schema#sub ClassOf>
        464  
        465   <%s> . \
        466  
        467   ?child_uri  ?p ?child _name; FIL TER( \
        468   ?p = <http ://www.w3. org/2000/0 1/rdf-sche ma#label>  || \
        469   ?p = <http ://rdf.cdi sc.org/ct/ schema#cdi scSubmissi onValue> | | \
        470   ?p = <http ://www.w3. org/2004/0 2/skos/cor e#prefLabe l> \
        471   ) \
        472   }
        473  
        474   subtype.qu ery.head.v ar.child.u ri=child_u ri subtype .query.hea d.var.chil d.name=chi ld_name
        475  
        476  
        477   concept.pr edicate.sp arql.query =select ?p  ?o ?n \ w here { \
        478   { ?s ?p ?o ; FILTER(? s = <%s> & & !isURI(? o)) } \ UN ION \
        479   { ?s ?p ?o ; FILTER(? s = <%s> & & isURI(?o )) . \
        480   ?o ?pn ?n;  FILTER( \
        481   ?pn = <htt p://www.w3 .org/2000/ 01/rdf-sch ema#label>  || \
        482   ?pn = <htt p://rdf.cd isc.org/ct /schema#cd iscSubmiss ionValue>  || \
        483   ?pn = <htt p://www.w3 .org/2004/ 02/skos/co re#prefLab el> \
        484   ) } \
        485   }
        486   concept.pr edicate.qu ery.head.v ar.p=p con cept.predi cate.query .head.var. o=o concep t.predicat e.query.he ad.var.n=n
        487  
        488   conceptmap ping.data. elements.s parql.quer y=ASK { SE LECT ?o WH ERE { <%s>
        489   <http://ge nisis.va.g ov/mvp-sch ema#Mappin gDataEleme nt> ?o } }
        490  
        491  
        492   #SPARL Que ry to know  URI exist s in Fusek i
        493   generated. uri.exists .sparql.qu ery=ASK {  { SELECT *  { <%s> ?p  ?o } } UN ION { SELE CT * {
        494   ?s <%s> ?o  } } UNION  { SELECT  * { ?s ?p  <%s> } } }
        495  
        496  
        497   ts.mvp.pre fix=http:/ /genisis.v a.gov/mvp- schema ts. mvp.uri.de limiter=_?  ts.mvp.ne w.concept. regex=^.*\ \_\\?\\d{1 ,3}$ Adjus t your fil es to the  following
        498   <tomcat-ho me>/conf/t omcat-user s.xml
        499   <?xml vers ion="1.0"  encoding=" UTF-8"?>
        500   <!--
        501   Licensed t o the Apac he Softwar e Foundati on (ASF) u nder one o r more con tributor l icense agr eements.   See the NO TICE file  distribute d with thi s work for  additiona l informat ion regard ing copyri ght owners hip.
        502  
        503   The ASF li censes thi s file to  You under  the Apache  License,  Version 2. 0 (the "Li cense"); y ou may not  use this  file excep t in compl iance with
        504   the Licens e.  You ma y obtain a  copy of t he License  at http:/ /www.apach e.org/lice nses/LICEN SE-2.0
        505   Unless req uired by a pplicable  law or agr eed to in  writing, s oftware di stributed  under the  License is  distribut ed on an " AS IS" BAS IS,
        506   WITHOUT WA RRANTIES O R CONDITIO NS OF ANY  KIND, eith er express  or implie d.
        507   See the Li cense for  the specif ic languag e governin g permissi ons and li mitations  under the  License.
        508   --><tomcat -users ver sion="1.0"  xmlns="ht tp://tomca t.apache.o rg/xml" xm lns:xsi="h ttp://www. w3.org/200 1/XMLSchem a-instance " xsi:sche maLocation ="http://t omcat.apac he.org/xml  tomcat-us ers.xsd">
        509   <!--
        510   NOTE:  By  default, n o user is  included i n the "man ager-gui"  role requi red to ope rate the " /manager/h tml" web a pplication .  If you  wish to us e this app , you must  define su ch a user  - the user name and p assword ar e arbitrar y. It is
        511   strongly r ecommended  that you  do NOT use  one of th e users in  the comme nted out s ection bel ow since t hey are in tended for  use with  the exampl es web
        512   applicatio n.
        513   -->
        514   <!--
        515   NOTE:  The  sample us er and rol e entries  below are  intended f or use wit h the exam ples web a pplication . They are  wrapped i n a commen t and thus  are ignor ed when re ading this  file. If  you wish t o configur e these us ers for us e with the  examples  web applic ation, do  not forget  to remove  the <!..  ..> that s urrounds t hem. You w ill also n eed to set  the passw ords to so mething ap propriate.
        516   -->
        517   <!--
        518   <role role name="tomc at"/>
        519   <role role name="role 1"/>
        520   <user user name="tomc at" passwo rd="<must- be-changed >" roles=" tomcat"/>
        521  
        522   <user user name="both " password ="<must-be -changed>"  roles="to mcat,role1 "/>
        523   <user user name="role 1" passwor d="<must-b e-changed> " roles="r ole1"/>
        524   -->
        525  
        526  
        527   <role role name="admi n"/>
        528   <role role name="admi n-gui"/>
        529   <role role name="admi n-script"/ >
        530   <role role name="mana ger"/>
        531   <role role name="mana ger-gui"/>
        532   <role role name="mana ger-script "/>
        533   <role role name="mana ger-jmx"/>
        534   <role role name="mana ger-status "/>
        535   <user name ="admin" p assword="a dminadmin"  roles="ad min,manage r,admin-gu i,admin- s cript,mana ger-gui,ma nager-scri pt,manager -jmx,manag er-status"  />
        536   </tomcat-u sers>
        537   <tomcat-ho me>/conf/s erver.xml
        538   <?xml vers ion="1.0"  encoding=" UTF-8"?>
        539   <!--
        540   Licensed t o the Apac he Softwar e Foundati on (ASF) u nder one o r more con tributor l icense agr eements.   See the NO TICE file  distribute d with thi s work for  additiona l informat ion regard ing copyri ght owners hip.
        541   The ASF li censes thi s file to  You under  the Apache  License,  Version 2. 0 (the "Li cense"); y ou may not  use this  file excep t in compl iance with
        542   the Licens e.  You ma y obtain a  copy of t he License  at http:/ /www.apach e.org/lice nses/LICEN SE-2.0
        543   Unless req uired by a pplicable  law or agr eed to in  writing, s oftware di stributed  under the  License is  distribut ed on an " AS IS" BAS IS,
        544   WITHOUT WA RRANTIES O R CONDITIO NS OF ANY  KIND, eith er express  or implie d.
        545   See the Li cense for  the specif ic languag e governin g permissi ons and li mitations  under the  License.
        546   --><!-- No te:  A "Se rver" is n ot itself  a "Contain er", so yo u may not
        547  
        548   define sub components  such as " Valves" at  this leve l. Documen tation at  /docs/conf ig/server. html
        549   --><Server  port="800 5" shutdow n="SHUTDOW N">
        550   <Listener  className= "org.apach e.catalina .startup.V ersionLogg erListener "/>
        551   <!-- Secur ity listen er. Docume ntation at  /docs/con fig/listen ers.html
        552   <Listener  className= "org.apach e.catalina .security. SecurityLi stener" />
        553   -->
        554   <!--APR li brary load er. Docume ntation at  /docs/apr .html -->
        555   <Listener  SSLEngine= "on" class Name="org. apache.cat alina.core .AprLifecy cleListene r"/>
        556   <!-- Preve nt memory  leaks due  to use of  particular  java/java x APIs-->
        557   <Listener  className= "org.apach e.catalina .core.JreM emoryLeakP reventionL istener"/>
        558   <Listener  className= "org.apach e.catalina .mbeans.Gl obalResour cesLifecyc leListener "/>
        559   <Listener  className= "org.apach e.catalina .core.Thre adLocalLea kPreventio nListener" />
        560  
        561  
        562   <!-- Globa l JNDI res ources
        563   Documentat ion at /do cs/jndi-re sources-ho wto.html
        564   -->
        565   <GlobalNam ingResourc es>
        566   <!-- Edita ble user d atabase th at can als o be used  by UserDat abaseRealm  to authen ticate use rs
        567   -->
        568  
        569  
        570   <Resource  name="jdbc /TS_DB" au th="Contai ner" type= "javax.sql .DataSourc e"
        571   maxTotal=" 20" maxIdl e="5" maxW aitMillis= "-1" usern ame="sa"
        572   password=" admin2$123 " driverCl assName="c om.microso ft.sqlserv er.jdbc.SQ LServerDri ver" url=" jdbc:sqlse rver://127 .0.0.1:POR T;database Name=TS_DB "/>
        573  
        574   <Resource  auth="Cont ainer" des cription=" User datab ase that c an be upda ted and sa ved" facto ry="org.ap ache.catal ina.users. MemoryUser DatabaseFa ctory" nam e="UserDat abase" pat hname="con f/tomcat-u sers.xml"  type="org. apache.cat alina.User Database"/ >
        575   </GlobalNa mingResour ces>
        576  
        577  
        578   <!-- A "Se rvice" is  a collecti on of one  or more "C onnectors"  that shar e a single  "Containe r" Note: A  "Service"  is not it self a "Co ntainer",  so you may  not defin e subcompo nents such  as "Valve s" at this  level. Do cumentatio n at /docs /config/se rvice.html
        579   -->
        580   <Service n ame="Catal ina">
        581  
        582  
        583   <!--The co nnectors c an use a s hared exec utor, you  can define  one or mo re named t hread pool s-->
        584   <!--
        585   <Executor  name="tomc atThreadPo ol" namePr efix="cata lina-exec- " maxThrea ds="150" m inSpareThr eads="4"/>
        586   -->
        587  
        588  
        589   <!-- A "Co nnector" r epresents  an endpoin t by which  requests  are receiv ed and res ponses are  returned.  Documenta tion at :
        590   Java HTTP  Connector:  /docs/con fig/http.h tml Java A JP  Connec tor: /docs /config/aj p.html APR  (HTTP/AJP ) Connecto r: /docs/a pr.html
        591   Define a n on-SSL/TLS  HTTP/1.1  Connector  on port PO RT
        592   -->
        593   <Connector  connectio nTimeout=" 20000" por t="PORT" p rotocol="H TTP/1.1" r edirectPor t="PORT"/>
        594   <!-- A "Co nnector" u sing the s hared thre ad pool-->
        595   <!--
        596   <Connector  executor= "tomcatThr eadPool" p ort="PORT"  protocol= "HTTP/1.1"  connectio nTimeout=" 20000" red irectPort= "PORT" />
        597  
        598   -->
        599   <!-- Defin e a SSL/TL S HTTP/1.1  Connector  on port P ORT This c onnector u ses the NI O implemen tation. Th e default
        600   SSLImpleme ntation wi ll depend  on the pre sence of t he APR/nat ive librar y and the  useOpenSSL  attribute  of the
        601   AprLifecyc leListener .
        602   Either JSS E or OpenS SL style c onfigurati on may be  used regar dless of t he SSLImpl ementation  selected.  JSSE styl e configur ation is u sed below.
        603   -->
        604   <!--
        605   <Connector  port="POR T" protoco l="org.apa che.coyote .http11.Ht tp11NioPro tocol" max Threads="1 50" SSLEna bled="true ">
        606   <SSLHostCo nfig>
        607   <Certifica te certifi cateKeysto reFile="co nf/localho st-rsa.jks " type="RS A" />
        608   </SSLHostC onfig>
        609   </Connecto r>
        610   -->
        611   <!-- Defin e a SSL/TL S HTTP/1.1  Connector  on port P ORT with H TTP/2 This  connector  uses the  APR/native  implement ation whic h always u ses OpenSS L for TLS.
        612   Either JSS E or OpenS SL style c onfigurati on may be  used. Open SSL style  configurat ion is use d below.
        613   -->
        614   <!--
        615   <Connector  port="POR T" protoco l="org.apa che.coyote .http11.Ht tp11AprPro tocol" max Threads="1 50" SSLEna bled="true " >
        616   <UpgradePr otocol cla ssName="or g.apache.c oyote.http 2.Http2Pro tocol" />
        617   <SSLHostCo nfig>
        618   <Certifica te certifi cateKeyFil e="conf/lo calhost-rs a-key.pem"  certifica teFile="co nf/localho st-rsa-cer t.pem" cer tificateCh ainFile="c onf/localh ost-rsa-ch ain.pem" t ype="RSA"  />
        619  
        620   </SSLHostC onfig>
        621   </Connecto r>
        622   -->
        623  
        624  
        625   <!-- Defin e an AJP 1 .3 Connect or on port  PORT -->
        626   <Connector  port="POR T" protoco l="AJP/1.3 " redirect Port="PORT "/>
        627  
        628  
        629   <!-- An En gine repre sents the  entry poin t (within  Catalina)  that proce sses every  request.   The Engin e implemen tation for  Tomcat st and alone  analyzes t he HTTP he aders incl uded with  the reques t, and pas ses them o n to the a ppropriate  Host (vir tual host) .
        630   Documentat ion at /do cs/config/ engine.htm l -->
        631  
        632  
        633   <!-- You s hould set  jvmRoute t o support  load-balan cing via A JP ie :
        634   <Engine na me="Catali na" defaul tHost="loc alhost" jv mRoute="jv m1">
        635   -->
        636   <Engine de faultHost= "localhost " name="Ca talina">
        637  
        638  
        639   <!--For cl ustering,  please tak e a look a t document ation at:
        640   /docs/clus ter-howto. html  (sim ple how to )
        641   /docs/conf ig/cluster .html (ref erence doc umentation ) -->
        642   <!--
        643   <Cluster c lassName=" org.apache .catalina. ha.tcp.Sim pleTcpClus ter"/>
        644   -->
        645  
        646  
        647   <!-- Use t he LockOut Realm to p revent att empts to g uess user  passwords  via a brut e-force at tack -->
        648   <Realm cla ssName="or g.apache.c atalina.re alm.LockOu tRealm">
        649   <!-- This  Realm uses  the UserD atabase co nfigured i n the glob al JNDI re sources un der the ke y "UserDat abase".  A ny edits
        650   that are p erformed a gainst thi s UserData base are i mmediately  available  for use b y the Real m.  -->
        651  
        652   <Realm cla ssName="or g.apache.c atalina.re alm.UserDa tabaseReal m" resourc eName="Use rDatabase" />
        653   </Realm>
        654  
        655  
        656   <Host appB ase="webap ps" autoDe ploy="true " name="lo calhost" u npackWARs= "true">
        657  
        658  
        659   <!-- Singl eSignOn va lve, share  authentic ation betw een web ap plications  Documenta tion at: / docs/confi g/valve.ht ml -->
        660   <!--
        661   <Valve cla ssName="or g.apache.c atalina.au thenticato r.SingleSi gnOn" />
        662   -->
        663  
        664  
        665   <!-- Acces s log proc esses all  example.
        666   Documentat ion at: /d ocs/config /valve.htm l
        667   Note: The  pattern us ed is equi valent to  using patt ern="commo n" -->
        668   <Valve cla ssName="or g.apache.c atalina.va lves.Acces sLogValve"  directory ="logs" pa ttern="%h  %l %u %t & quot;%r&qu ot; %s %b"  prefix="l ocalhost_a ccess_log"  suffix=". txt"/>
        669  
        670  
        671   <!-- <Cont ext docBas e="/home/m ichaeledor or/Desktop /apache-to mcat- 9.0. 0.M26/wtpw ebapps/ts- bookmarkin g-service"  path="/ts -bookmarki ng-service " reloadab le="true"  source="or g.eclipse. jst.j2ee.s erver:ts-b ookmarking -service"/ >--></Host >
        672   </Engine>
        673   </Service>
        674   </Server>
        675  
        676  
        677   Jena/Fusek i Setup
        678   This proce ss details  installin g apache j ena and fu seki to th e developm ent machin es. For si mplicity s ake, you w ill downlo ad and con figure bot h programs  locally a nd then co py it over  to the /u sr/share/  folders.
        679   This proce ss will ne ed to diff er on the  VA machine s as apt-g et install s will nee d to be us ed to mana ge softwar e.
        680   Install Ja va.  Fusek i runs on  java java  1.8.  Inst all 1.8 an d make sur e the defa ult java v ersion is  1.8
        681  
        682   sudo yum i nstall jav a-1.8.0
        683  
        684   sudo yum r emove java -1.7.0-ope njdk
        685  
        686   Download A pache-Jena  + Fuseki  to home di rectory
        687  
        688   wget http: //www-us.a pache.org/ dist/jena/ binaries/a pache-jena -fuseki-3. 4.0.tar.gz  tar -xvzf  apache-je na-fuseki- 3.4.0.tar. gz
        689  
        690   Download A pache-Jena  to home d irectory
        691  
        692   wget http: //www-us.a pache.org/ dist/jena/ binaries/a pache-jena -3.4.0.tar .gz tar -x vzf apache -jena-3.4. 0.tar.gz
        693   Start and  stop fusek i to gener ate run fo lder and s tructure c d apache-j ena-fuseki -3.4.0/
        694   ./fuseki s tart
        695  
        696   Unzip onto logies
        697  
        698   tar -xvzf  Ontologies _08182017. tar.gz
        699  
        700   Load ALL o ntologies  into one l arge defau lt graph ( note: data base direc tory path  will chang e later)
        701  
        702   ~/apache-j ena-3.4.0/ bin/tdbloa der --loc  ~/apache-j ena-fuseki -3.4.0/run /databases / MVP_Mast er_Interna l_Ontology _final_pub lished.owl  NCIT/NCIT _1706d.rdf  HP/HP_063 02017.rdf  DOID/DOID_ 2017_0613. rdf CDISC/ adam-termi nology.rdf  CDISC/glo ssary-term inology.rd f CDISC/sd tm-termino logy.rdf C DISC/cdash - terminol ogy.rdf CD ISC/qs-ter minology.r df CDISC/s end-termin ology.rdf  ICD10/ICD1 0CM.ttl IC D9/HOM-ICD 9_04262011 .rdf
        703  
        704   Configure  fuseki to  run standa lone
        705  
        706   vi ~/apach e-jena-fus eki-3.4.0/ run/shiro. ini
        707   change lin e 15 from  “admin=pw”  to “admin =12plainte xtpass34”  comment ou t line 25
        708   uncomment  line 31
        709  
        710   Run fuseki  as a stan dalone ser vice
        711  
        712   apache-jen a-fuseki-3 .4.0/fusek i-server - -update -- loc=/home/ ec2-user/a pache-jena -fuseki- 3 .4.0/run/d atabases / ds
        713  
        714   Not sure i f the next  step is n ecessary,  but previo us install s were pla ced in the  /usr/shar e/ directo ry
        715  
        716   Move fusek i and jena  to /usr/s hare/fusek i/ and /us r/share/je na
        717  
        718   sudo mkdir  /usr/shar e/jena/
        719   sudo cp -r  ~/apache- jena-3.4.0 /* /usr/sh are/jena/
        720  
        721   sudo mkdir  /usr/shar e/fuseki/
        722   sudo cp -r  ~/apache- jena-fusek i-3.4.0/*  /usr/share /fuseki/
        723   Add jena a nd fuseki  libraries  to PATH su do touch / etc/profil e.d/jena-f useki.sh
        724   sudo echo  “export PA TH=$PATH:/ usr/share/ fuseki/bin :/usr/shar e/jena/bin ” >> jena-
        725   fuseki.sh
        726   Create /et c/default/ fuseki fil e and add  fuseki arg s
        727  
        728   sudo touch  /etc/defa ult/fuseki
        729   sudo echo  “FUSEKI_AR GS='--upda te --loc=/ usr/share/ fuseki/run /databases  /ds'” >>  fuseki
        730  
        731  
        732   Notes
        733   To start/s top fuseki :
        734   sudo ./usr /share/fus eki/fuseki  start sud o ./usr/sh are/fuseki /fuseki st op
        735  
        736  
        737   SOLR Setup
        738   Installati on:
        739   Check loca tions of c onfig file s and JSON  directory  containin g files to  index
        740   If JAVA_HO ME has bee n exported , make sur e $JAVA_HO ME/bin/jav a exists
        741   Prep: sudo  yum insta ll wget, r uby
        742   Download:w get http:/ /archive.a pache.org/ dist/lucen e/solr/6.0 .0/solr-6. 0.0.tgz
        743   Unpack:tar  xzf sor-6 .0.0.tgz
        744   Create a “ fuseki” co llection:
        745   Set locati on: cd to  where you  want solr  installed
        746   Startup So lr: solr-6 .0.0/bin/s olr start
        747   Create “fu seki” coll ection: so lr-6.0.0/b in/solr cr eate –c fu seki
        748   Stop Solr:  solr-6.0. 0/bin/solr  stop
        749   Configure  “fuseki” c ollection
        750  
        751   Copy confi g files:
        752   cp /path/t o/{managed -schema,so lrconfig.x ml} solr-6 .0.0/serve r/solr/fus eki/conf
        753   Restart So lr: solr-6 .0.0/bin/s olr start
        754   Index onto logies:
        755   Add JSON f iles: solr -6.0.0/bin /post –c f useki  /pa th/to/JSON /* >& solr -index.out put
        756   &
        757   Wait about  20 minute s
        758  
        759  
        760  
        761   Database S etup
        762   Genisis Da ta Request  Workflows  Database  Setup
        763   Database N ames
        764   Genisis_DB  is the ap plication  database.  Activiti_D B is the a ctiviti wo rkflow dat abase.
        765   Database S chema
        766   The schema  used for  the applic ation data base is ‘d bo’.
        767  
        768   List of Ta bles withi n the Data base
        769   Request Hi story
        770   RequestTyp e
        771   Request
        772   CommentHis tory
        773   StudyAppro val
        774   WorkflowSt atus
        775   Source
        776   Users
        777   User_Role_ Type
        778   User_Appro ver
        779   User_Type
        780   Role_Type
        781   Management  Table (We  are creat ing the Ma nagement t able only  for the ta ble copy f unction. T his behave s as a log  for the T able copy  process.)
        782   Other syst ems genera ted tables  by Activi ti
        783  
        784   Users Reco gnized by  the Databa se
        785   “genisis”  is the app lication u ser in the  database  with the r ights of d ata reader  and data  writer wit hin the da tabase.
        786  
        787   Database S cripts
        788   Unzip the  dbscripts  and run th e scripts  in the fol lowing ord er:
        789   GENISIS_DB
        790   CreateData base.sql
        791   User.Sql
        792   Tables.Sql
        793   looklookup tables.sql
        794   ACTIVITI_D B
        795   CreateData base.sql
        796   User.Sql
        797  
        798   4.2 Genisi s Terminol ogy Servic es Databas e Setup
        799   4.2.1 Data base Names
        800   TS_DB is t he applica tion datab ase.
        801  
        802   4.2.2. Dat abase Sche ma
        803   The schema  used for  the applic ation data base is ‘d bo’.
        804   List of Ta bles withi n the Data base
        805  
        806   Bookmarks
        807   Concept_ma pping
        808   Concept_ma pping_data _elements
        809   Data_eleme nt
        810   Data_eleme nt_compone nts
        811   Data_eleme nt_source
        812   Data_eleme nt_type
        813   Data_type
        814   Labels
        815   Simple_dat a_element
        816  
        817   Users Reco gnized by  the Databa se
        818   “genesis_t s” is the  applicatio n user in  the databa se with th e rights o f data rea der and da ta writer  within the  database.
        819  
        820   Database S cripts
        821   Unzip the  dbscripts  and run th e scripts  in the fol lowing ord er:
        822   TS_DB
        823   Create_Dat abase.sql
        824   Create_Use r.Sql
        825   Create_Tab les.Sql
        826  
        827   Genisis Da ta Request  Workflow  - Data Ope rations Se tup
        828   How the Ta ble Copy P rocess Wor ks
        829   There are  three serv ers involv ed in tabl e copy pro cess as fo llows:
        830   Management  Server –  This is th e same as  the Genisi s2 Microso ft Windows  2012/ SQL  Server 20 12 Databas e server.
        831   Source Ser ver – Micr osoft Wind ows /SQL S erver data base from  which tabl es are cop ied (Examp le: VINCI  Landing Zo ne server) .
        832   Destinatio n Server –  Microsoft  Windows/S QL Server  to which t ables are  copied (Ex ample: Gen isis Landi ng Zone se rver).
        833  
        834   Setting up  Linux Env ironment
        835   Make sure  all the pr operties a re updated  in
        836   /opt/wildf ly/standal one/config uration/ge nisis2.pro perties
        837   SFTP Relea se version  to Server , in any m eans acces sible by y ou. SFTP w ill direct  to
        838   /home/<use r>/
        839   Copy the j ar file to  /opt/geni sisDataOps  folder.
        840   sudo cp /h ome/<user> / Genisis2 DataOps.ja r
        841   /opt/genis isDataOps/ Genisis2Da taOps.jar
        842   SFTP the s hell scrip t and copy  to the /o pt/genisis DataOps fo lder
        843   sudo cp /h ome/<user> / database TableCopy. sh /opt/ge nisisDataO ps/ databa seTableCop y.sh
        844   The table  copy proce ss will be  initiated  from the  Genisis2 u ser interf ace. It ex ecutes the  above
        845   .sh file ( shell scri pt). In tu rn, the.ja r file tha t performs  the table  copy proc ess is inv oked.
        846  
        847  
        848   Setting up  Windows S QL Server  Management  Server
        849   Users and  permission s needed
        850  
        851   Make sure  that Micro soft Windo ws 2012 R2  and SQL s erver 2012  are insta lled in th e Destinat ion and Ma nagement d atabases
        852   Always use  Fully qua lified Dom ain Names  (FQDNs and  not IP ad dresses)
        853   You need a  username  and passwo rd with th e followin g permissi ons. This  is for rou tine Genis is2 initia ted Table  Copy Opera tions.
        854   ddlread
        855   ddlwrite
        856   We need to  create a  linked ser ver in the  Source Se rver. For  this, you  may need a ccess to a  username  and passwo rd with Ad ministrato r rights f or setting  the linke d server u p. This is  a one-tim e task.
        857   Creating a  Linked Se rver from  the Manage ment Serve r (Example : DNS Sour ce Server  to the (us e FQDN not  ip) to th e Source S erver (Exa mple: DNS  SQA Source  Server) t o Linked S erver:
        858   Login to t he Managem ent server  as an Adm inistrator
        859   Create lin ked server  in the Ma nagement f or Source  Server
        860   Once you s ee the Lin ked Source  Server, o pen it and  make sure  you can s ee the Dat abase you  are given  access to  and the ta bles withi n them. Ru n an auto  generated  SQL script  to see sa y the firs t 1000 row s of a tab le just to  make sure  that the  management  server ca n read tha t database  and table s within t hat databa se.
        861   Create a L inked Serv er from th e Destinat ion Server  to the Ma nagement S erver (For  Ex: DNS D estination  Server):
        862   Table Copy ing is don e in two s teps
        863   Management  Server PU LLS the ta ble from t he Source  Server in  to a TEMP  database ( GENISISTEM PDATA)
        864   Destinatio n Server P ULLS the t able from  the Manage ment Serve r (GENISIS TEMPATA) t o the its  database ( GENISISDAT AOPSDATA –  This is a lso the Ge nisis Land ing Zone D atabase)
        865   You need a  username  and passwo rd with AD MINISTRATO R rights i n the Dest ination Se rver just  for creati ng the Lin ked Server )
        866   Create a L inked Serv er in the  Destinatio n Server f or the Man agement Se rver
        867   Once you s ee the Lin ked Manage ment Serve r, open it  and make  sure you c an see the  GENISISTE MPDATA Dat abase
        868   Management  Table par t of Genis isDB (Scri pt) (This  part is in cluded in  the Genisi s2 build a nd this is  for refer ence – No  tasks to b e done her e)
        869  
        870  
        871   Setting up  the Sourc e Server
        872   The Source  Server ca n be a rem ote server  like the  VINCI land ing Zone.  Some other  group may  be respon sible for  administer ing that d atabase. T his step i nvolves co ordination  with that  group and  making su re that th e followin g steps ar e complete d:
        873  
        874   Acquire an  account o n the sour ce server:  Coordinat e with the  source se rver admin istrative  team to ob tain a use r name and  password  created wi th the fol lowing per missions a nd the nam e of the D atabase fr om which y ou will be  copying t ables. The  permissio ns needed  for this d atabase ar e:
        875   ddlRead
        876   ddlWrite
        877   ddladmin
        878   The aforem entioned p ermissions  are reque sted; sinc e in the f uture, thi s Source S erver can  serve as a  Destinati on Server  also. A ta ble should  be able t o be creat ed there a nd the abi lity to wr ite to it.
        879  
        880  
        881   Setting up  the Desti nation Ser ver
        882   Get an acc ount on th e Destinat ion Server  with the  following  permission s:
        883   ddlRead
        884   ddlWrite
        885   ddlAdmin
        886  
        887  
        888   Test Reach ability Be tween Serv ers
        889   Management  Server to  Source Se rver:
        890   From a Win dows serve r (within  the same s ubnet with  permissio ns to acce ss the Des tination S erver) log in to the  Management  Server us ing SQL Se rver Manag ement Stud io. Determ ine if you  can click  on linked  servers,  open them,  and see G enisis_DB  and the Ma nagement_T able. You  need to be  able to d o this to  verify if  tables hav e been cop ied succes sfully, an d the Numb er of Rows  and Check sums, BEFO RE, and AF TER a Tabl e Copy. Th is table c ontains th e log for  Table Copy  Operation s.
        891   Confirm th at you can  reach the  Source Se rver and l ook at the  database  given to y ou. Determ ine if the  tables ar e there, a nd that yo u are able  to run qu eries agai nst this d atabase.
        892   Destinatio n Server t o Manageme nt Server:
        893   From any W indows ser ver, login  to the De stination  Server usi ng SQL Ser ver Manage ment Studi o. Confirm  that you  can click  on the lin ked server s and open  the Manag ement Serv er. Determ ine if you  can see t he GENISIS TEMPDATA d atabase. S ince it is  a tempora ry databas e where ta bles are s tored temp orarily, y ou may not  see any t ables.
        894  
        895   Genisis Da ta Request  Workflow  - Upgradin g from Bui ld 3 to Bu ild 4
        896   If Build 3  has been  installed  on the VA  servers, f ollow the  steps in S ection 6.1  for each  server to  deploy art ifacts.
        897  
        898  
        899   Deploy Gen isis2 Angu lar Applic ation
        900   Get the ap propriate  release ve rsions fro m the dev  team for t his releas e.
        901   Go to the  url: http: //genisis2 0-nexus.bo ozallencsn .com/nexus /
        902   Click on l ogin on to p right si de and ent er followi ng credent ials
        903   Username:  Jenkins
        904   Password:  root2017
        905   Go to the  following  url: http: //genisis2 0- nexus.b oozallencs n.com/nexu s/content/ repositori es/release s/gov/va/g enisis2/Ge nisisAng u larWebApp/ <release v esion>
        906   Be sure to  be off of  the VA VP N; the lin k in the p receding s tep will n ot work in  VA VPN
        907   SFTP Relea se version  to Server , in any m eans acces sible by y ou; SFTP w ill direct  to
        908   /home/<use r>/ - so f rom there  unzip the  file
        909   $ unzip <G enisis2Web  Zip> /var /www/domai n.va.gov/w ebroot (ov erwrite th e existing  files if  prompted)
        910   Delete con tents unde r help dir ectory $ r m -rf /var /www/domai n.va.gov/w ebroot/hel p
        911   SFTP help. zip file t o Server,  in any mea ns accessi ble by you . . SFTP w ill direct  to
        912   /home/<use r>/ - so f rom there  unzip the  file (over write the  existing f iles if pr ompted)
        913   $ unzip <G enisis2Web  Help Zip>  /var/www/ domain.va. gov/webroo t/help
        914   Restart Ap ache (serv ice httpd  restart)
        915  
        916  
        917   Update Gen isis2 Data bases
        918   Run the fo llowing sq l script t o update G ENISIS_DB.
        919   1)  Releas e4.sql
        920  
        921  
        922   Deploy Gen isis2 Serv ices Appli cation
        923   Before upd ating the  war file,  update the  database  and upgrad e the Angu lar applic ation
        924   Open genis is2.proper ties file  using vim  and enter  correct ne w properti es and its  values pe rtaining t o the envi ronment on  which the  applicati on is bein g installe d.
        925  
        926   Reach out  to the dev elopment t eam for th e correct  values to  be filled  for each p roperty li sted in th e genisis2 .propertie s file. Be low are th e new prop erties int roduced in  Build 4:
        927  
        928  
        929  
        930   # Path of  pom.proper ties of de ployed gen isis servi ce genisis 2.pom.prop s.path=/ME TA- INF/ma ven/gov.va .genisis2/ Genisis2Se rvices/pom .propertie s
        931  
        932   # LDAP Use r Refresh  cron expre ssion
        933   # every da y at 1 AM
        934   #ldap.refr esh.cron.e xpression= 0 0 1 * *  * ldap.ref resh.cron. expression =0 */30 *  * * *
        935  
        936   # LDAP Con text Sourc e ldap.url =ldap://IP :PORT ldap .base=AI l dap.userna me=AI ldap .password= AI
        937   Go to the  url: http: //genisis2 0-nexus.bo ozallencsn .com/nexus /
        938   Click on l ogin on to p right si de and ent er the fol lowing cre dentials
        939   Username:  AI
        940   Password:  AI
        941   Go to the  following  url: http: //genisis2 0- nexus.b oozallencs n.com/nexu s/content/ repositori es/release s/gov/va/g enisis2/ G enisis2Ser vices/<rel ease vesio n>
        942   Be sure to  be off of  the VA VP N; the lin k in the p receding s tep will n ot work in  VA VPN
        943   SFTP Relea se version  to Server  by any me ans access ible. SFTP  will dire ct to
        944   /home/<use r>/
        945   Stop the s erver by k illing the  process o r if confi gured as a  service,  stop the w ildfly ser vice
        946   Delete the  existing  war file u nder /opt/ wildfly/st andalone/d eployments  folder
        947   Copy the r elevant wa r file und er /home/< user>/ to  /opt/wildf ly/standal one/deploy ments fold er
        948   sudo cp /h ome/<user> / Genisis2 Services.w ar /opt/wi ldfly/stan dalone/dep loyments
        949   Before sta rting the  server, ma ke sure th at databas e scripts  are run an d property  file upda te is comp lete
        950   Start the  wildfly se rver
        951   nohup /opt /wildfly/b in/standal one.sh &