48. EPMO Open Source Coordination Office Redaction File Detail Report

Produced by Araxis Merge on 12/20/2017 5:56:05 PM Eastern Standard Time. See www.araxis.com for information about Merge. This report uses XHTML and CSS2, and is best viewed with a modern standards-compliant browser. For optimum results when printing this report, use landscape orientation and enable printing of background images and colours in your browser.

48.1 Files compared

# Location File Last Modified
1 Genisis_2.0_v6_bld6.zip\Source Code\TS\Service\term-service\src\main\java\gov\va\genisis2\ts\service\impl UpdateTripleService.java Thu Dec 14 19:57:20 2017 UTC
2 Genisis_2.0_v6_bld6.zip\Source Code\TS\Service\term-service\src\main\java\gov\va\genisis2\ts\service\impl UpdateTripleService.java Wed Dec 20 20:38:39 2017 UTC

48.2 Comparison summary

Description Between
Files 1 and 2
Text Blocks Lines
Unchanged 3 702
Changed 2 4
Inserted 0 0
Removed 0 0

48.3 Comparison options

Whitespace
Character case Differences in character case are significant
Line endings Differences in line endings (CR and LF characters) are ignored
CR/LF characters Not shown in the comparison detail

48.4 Active regular expressions

No regular expressions were active.

48.5 Comparison detail

  1   package go v.va.genis is2.ts.ser vice.impl;
  2  
  3   import jav a.util.Arr ayList;
  4   import jav a.util.Lis t;
  5   import jav a.util.str eam.Collec tors;
  6  
  7   import org .apache.je na.update. UpdateFact ory;
  8   import org .apache.je na.update. UpdateRequ est;
  9   import org .apache.lo gging.log4 j.LogManag er;
  10   import org .apache.lo gging.log4 j.Logger;
  11   import org .springfra mework.bea ns.factory .annotatio n.Autowire d;
  12   import org .springfra mework.ste reotype.Se rvice;
  13  
  14   import gov .va.genisi s2.ts.comm on.dto.Tri pleDTO;
  15   import gov .va.genisi s2.ts.comm on.dto.Upd ateRespons eDTO;
  16   import gov .va.genisi s2.ts.comm on.dto.Upd ateTripleD TO;
  17   import gov .va.genisi s2.ts.conv erter.Upda teResponse Converter;
  18   import gov .va.genisi s2.ts.fuse ki.FusekiC lient;
  19   import gov .va.genisi s2.ts.serv ice.IUpdat eTripleSer vice;
  20   import gov .va.genisi s2.ts.util s.TSProper tiesUtil;
  21  
  22   @Service
  23   public cla ss UpdateT ripleServi ce impleme nts IUpdat eTripleSer vice {
  24  
  25           pr ivate stat ic final L ogger LOGG ER = LogMa nager.getL ogger(Upda teTripleSe rvice.clas s);
  26           @A utowired
  27           pr ivate Fuse kiClient f usekiClien t;
  28  
  29           @A utowired
  30           pr ivate TSPr opertiesUt il propsUt il;
  31  
  32           @A utowired
  33           pr ivate Upda teResponse Converter  updateResp onseConvet er;
  34  
  35           @A utowired
  36           pr ivate MvpU riGenHelpe r mvpUriGe nHelper;
  37  
  38           pr ivate stat ic final S tring MVP_ PREFIX = " http:// URL ";
  39  
  40           pr ivate stat ic final S tring MVP_ PREFIX_BRA CKET = "<h ttp:// URL ";
  41  
  42           pr ivate stat ic final S tring INSE RT = "INSE RT DATA";
  43  
  44           pr ivate stat ic final S tring DELE TE = "DELE TE DATA";
  45  
  46           pu blic List< UpdateResp onseDTO> d eleteTripl e(UpdateTr ipleDTO up dateTriple DTO) {
  47                    retu rn updateT riple(DELE TE, update TripleDTO) ;
  48           }
  49  
  50           pu blic List< UpdateResp onseDTO> a ddTriple(U pdateTripl eDTO updat eTripleDTO ) {
  51                    retu rn updateT riple(INSE RT, update TripleDTO) ;
  52           }
  53  
  54           pu blic List< UpdateResp onseDTO> u pdateTripl e(String c ommand, Up dateTriple DTO update TripleDTO)  {
  55  
  56                    // r emoving al l triples  that have  invalid pr efixes in  all cases
  57  
  58                    // T ODO: dropp ing triple s that hav e no prefi x...it may  be best t o handle t his
  59                    // f ilter
  60                    // i n the erro r processi ng logic f or each ca se
  61                    List <TripleDTO > mvpTripl es = valid ateTriples ForPrefix( updateTrip leDTO.getP roperties( ));
  62  
  63                    // p opulate UR Is for new  concepts
  64                    mvpU riGenHelpe r.populate UrisForNew Concepts(m vpTriples) ;
  65  
  66                    upda teTripleDT O.setPrope rties(mvpT riples);
  67  
  68                    List <UpdateRes ponse> que ryResponse s = create QueriesAnd Response(c ommand, up dateTriple DTO);
  69  
  70                    if ( updateTrip leDTO.isAl lowErrors( )) {
  71  
  72                             if (co mmand.equa lsIgnoreCa se(INSERT) ) {
  73                                      List<Upd ateRespons eDTO> dtoR esponses =  allowErro rs(queryRe sponses).s tream().ma p(dto -> u pdateRespo nseConvete r.convert( dto)).coll ect(Collec tors.toLis t());
  74  
  75                                      return d toResponse s;
  76                             } else  {
  77                                      List<Upd ateRespons eDTO> dtoR esponses =  allowErro rsDelete(q ueryRespon ses).strea m().map(dt o -> updat eResponseC onveter.co nvert(dto) ).collect( Collectors .toList()) ;
  78                                      return d toResponse s;
  79                             }
  80                    } el se if (upd ateTripleD TO.isCheck Only()) {
  81                             // che ck and log  for excet ions as re quests are  processed ..do not e xecute
  82                             List<U pdateRespo nseDTO> dt oResponses  = check(q ueryRespon ses).strea m().map(dt o -> updat eResponseC onveter.co nvert(dto) ).collect( Collectors .toList()) ;
  83  
  84                             return  dtoRespon ses;
  85  
  86                    } el se if (upd ateTripleD TO.isNoErr ors()) {
  87                             if (co mmand.equa lsIgnoreCa se(INSERT) ) {
  88                                      List<Upd ateRespons eDTO> dtoR esponses =  noErrors( queryRespo nses).stre am().map(d to -> upda teResponse Conveter.c onvert(dto )).collect (Collector s.toList() );
  89  
  90                                      return d toResponse s;
  91                             } else  {
  92                                      List<Upd ateRespons eDTO> dtoR esponses =  noErrorsD elete(quer yResponses ).stream() .map(dto - > updateRe sponseConv eter.conve rt(dto)).c ollect(Col lectors.to List());
  93  
  94                                      return d toResponse s;
  95                             }
  96                    } el se {
  97                             // fal l back to  ignore err ors case
  98                             List<U pdateRespo nseDTO> dt oResponses  = ignoreE rrors(quer yResponses ).stream() .map(dto - > updateRe sponseConv eter.conve rt(dto)).c ollect(Col lectors.to List());
  99  
  100                             return  dtoRespon ses;
  101                    }
  102           }
  103  
  104           /* *
  105            *  Checks fo r valid pr efixes. If  a triple  does not h ave the co rrect mvp  pattern
  106            *  it is rem oved
  107            *  
  108            *  @param pr operties
  109            *  @return
  110            * /
  111           pr ivate List <TripleDTO > validate TriplesFor Prefix(Lis t<TripleDT O> propert ies) {
  112  
  113                    List <TripleDTO > newTripl es = prope rties.stre am()
  114                                      .filter( t -> (t.ge tS().start sWith(MVP_ PREFIX) ||  t.getS(). startsWith (MVP_PREFI X_BRACKET) ) || (t.ge tP().start sWith(MVP_ PREFIX) ||  t.getP(). startsWith (MVP_PREFI X_BRACKET) ))
  115                                      .collect (Collector s.toList() );
  116                    retu rn newTrip les;
  117           }
  118  
  119           /* *
  120            *  Creates m ulitple qu ery reques ts from dt o informat ion
  121            *  
  122            *  @param co mmand
  123            *  @param dt o
  124            *  @return
  125            * /
  126           pu blic Updat eRequest c onvertDTOt oRequests( String com mand, Upda teTripleDT O dto) {
  127                    Upda teRequest  request =  UpdateFact ory.create ();
  128  
  129                    for  (TripleDTO  prop : dt o.getPrope rties()) {
  130                             String  query = c ommand + "  { " + quo teUri(prop .getS()) +  " " + quo teUri(prop .getP()) +  " " + quo teLiteral( prop.getO( )) + ";}";
  131                             reques t.add(quer y);
  132                    }
  133                    retu rn request ;
  134           }
  135  
  136           /* *
  137            *  Format qu eries from  DTO objec t into que ry form
  138            *  
  139            *  @param co mmand
  140            *  @param dt o
  141            *  @return
  142            * /
  143           pu blic List< String> cr eateQuerie s(String c ommand, Up dateTriple DTO dto) {
  144                    List <String> q ueries = n ew ArrayLi st<String> ();
  145  
  146                    for  (TripleDTO  prop : dt o.getPrope rties()) {
  147                             querie s.add(comm and + " {  " + quoteU ri(prop.ge tS()) + "  " + quoteU ri(prop.ge tP()) + "  " + quoteL iteral(pro p.getO())  + ";}");
  148                    }
  149                    retu rn queries ;
  150           }
  151  
  152           pu blic List< UpdateResp onse> chec k(List<Upd ateRespons e> queryRe sponse) {
  153                    // c heck prefi x
  154                    Upda teRequest  request =  UpdateFact ory.create ();
  155  
  156                    for  (UpdateRes ponse qr :  queryResp onse) {
  157                             try {
  158                                      request. add(qr.get Query());
  159                                      // since  this call  goes over  the netwo rk would o nly like t o execute
  160                                      // if th e query is  syntatica lly correc t
  161                                      if (fuse kiClient.p erformAsk( qr.getAskF orm(), pro psUtil.get SparqlEndp oint())) {
  162                                               // duplica te query!
  163                                               qr.setDupl icate(true );
  164                                      }
  165                             } catc h (Excepti on e) {
  166                                      qr.setEr ror(e.getM essage());
  167                             }
  168                    }
  169                    retu rn queryRe sponse;
  170           }
  171  
  172           pu blic List< UpdateResp onse> noEr rors(List< UpdateResp onse> quer yResponse)  {
  173                    Upda teRequest  request =  UpdateFact ory.create ();
  174  
  175                    bool ean errors  = false;
  176                    for  (UpdateRes ponse qr :  queryResp onse) {
  177                             try {
  178                                      // check s to see i f there is  a duplica te note th e endpoint  used!
  179                                      if (fuse kiClient.p erformAsk( qr.getAskF orm(), pro psUtil.get SparqlEndp oint())) {
  180                                               // duplica te query!
  181                                               qr.setDupl icate(true );
  182                                               errors = t rue;
  183                                               break; //  no errors  are allowe d so break  out
  184                                      }
  185                                      request. add(qr.get Query());
  186                             } catc h (Excepti on e) {
  187                                      errors =  true;
  188                                      qr.setEr ror(e.getM essage());
  189                             }
  190                    }
  191                    ///  if there a re no erro rs then ex ecute them !
  192                    if ( errors) {
  193                             return  queryResp onse;
  194                    } el se {
  195                             try {
  196                                      fusekiCl ient.perfo rmUpdate(r equest, pr opsUtil.ge tSparqlEnd pointUpdat e());
  197                             } catc h (Excepti on e) {
  198                                      LOGGER.e rror("Erro r in execu tion updat e SPARQL q uery", e);
  199                                      throw e;
  200                             }
  201                             return  queryResp onse;
  202                    }
  203           }
  204  
  205           pu blic List< UpdateResp onse> noEr rorsDelete (List<Upda teResponse > queryRes ponse) {
  206                    Upda teRequest  request =  UpdateFact ory.create ();
  207  
  208                    bool ean errors  = false;
  209                    for  (UpdateRes ponse qr :  queryResp onse) {
  210                             try {
  211                                      // check s to see i f there is  not a dup licate not e the endp oint used!
  212                                      if (!fus ekiClient. performAsk (qr.getAsk Form(), pr opsUtil.ge tSparqlEnd point()))  {
  213                                               // duplica te query!
  214                                               qr.setDupl icate(true );
  215                                               errors = t rue;
  216                                               break; //  no errors  are allowe d so break  out
  217                                      }
  218                                      request. add(qr.get Query());
  219                             } catc h (Excepti on e) {
  220                                      errors =  true;
  221                                      qr.setEr ror(e.getM essage());
  222                             }
  223                    }
  224                    ///  if there a re no erro rs then ex ecute them !
  225                    if ( errors) {
  226                             return  queryResp onse;
  227                    } el se {
  228                             try {
  229                                      fusekiCl ient.perfo rmUpdate(r equest, pr opsUtil.ge tSparqlEnd pointUpdat e());
  230                             } catc h (Excepti on e) {
  231                                      LOGGER.e rror("Erro r in execu tion updat e SPARQL q uery", e);
  232                                      throw e;
  233                             }
  234                             return  queryResp onse;
  235                    }
  236           }
  237  
  238           pu blic List< UpdateResp onse> allo wErrors(Li st<UpdateR esponse> q ueryRespon se) {
  239                    Upda teRequest  request =  UpdateFact ory.create ();
  240  
  241                    for  (UpdateRes ponse qr :  queryResp onse) {
  242                             try {
  243                                      // check s to see i f there is  a duplica te. Note t he endpoin t used!
  244                                      if (fuse kiClient.p erformAsk( qr.getAskF orm(), pro psUtil.get SparqlEndp oint())) {
  245                                               // duplica te query!
  246                                               qr.setDupl icate(true );
  247                                               continue;  // we do n ot want to  add this  request be cause it i s a duplic ate
  248                                      }
  249                                      request. add(qr.get Query());
  250                             } catc h (Excepti on e) {
  251                                      qr.setEr ror(e.getM essage());
  252                             }
  253                    }
  254  
  255                    try  {
  256                             fuseki Client.per formUpdate (request,  propsUtil. getSparqlE ndpointUpd ate());
  257                    } ca tch (Excep tion e) {
  258                             LOGGER .error("Er ror in exe cution upd ate SPARQL  query", e );
  259                             throw  e;
  260                    }
  261                    retu rn queryRe sponse;
  262           }
  263  
  264           pu blic List< UpdateResp onse> allo wErrorsDel ete(List<U pdateRespo nse> query Response)  {
  265                    Upda teRequest  request =  UpdateFact ory.create ();
  266  
  267                    for  (UpdateRes ponse qr :  queryResp onse) {
  268                             try {
  269                                      // check s to see i f there is  not a dup licate not e the endp oint used!
  270                                      if (!fus ekiClient. performAsk (qr.getAsk Form(), pr opsUtil.ge tSparqlEnd point()))  {
  271                                               // duplica te query!
  272                                               qr.setDupl icate(fals e);
  273                                               continue;  // we do n ot want to  add this  request be cause it i s a duplic ate
  274                                      }
  275                                      request. add(qr.get Query());
  276                             } catc h (Excepti on e) {
  277                                      qr.setEr ror(e.getM essage() +  "\n");
  278                             }
  279                    }
  280                    try  {
  281                             fuseki Client.per formUpdate (request,  propsUtil. getSparqlE ndpointUpd ate());
  282  
  283                    } ca tch (Excep tion e) {
  284                             LOGGER .error("Er ror in exe cution upd ate SPARQL  query", e );
  285                             throw  e;
  286                    }
  287                    retu rn queryRe sponse;
  288           }
  289  
  290           pu blic List< UpdateResp onse> igno reErrors(L ist<Update Response>  queryRespo nse) {
  291                    Upda teRequest  request =  UpdateFact ory.create ();
  292  
  293                    for  (UpdateRes ponse qr :  queryResp onse)
  294                             reques t.add(qr.g etQuery()) ;
  295  
  296                    try  {
  297                             fuseki Client.per formUpdate (request,  propsUtil. getSparqlE ndpointUpd ate());
  298  
  299                    } ca tch (Excep tion e) {
  300                             LOGGER .error("Er ror in exe cution upd ate SPARQL  query", e );
  301                             throw  e;
  302                    }
  303                    retu rn queryRe sponse;
  304           }
  305  
  306           /* *
  307            *  Create sp arql forme d queries  for the gi ven triple s
  308            *  
  309            *  @param co mmand
  310            *  @param dt o
  311            *  @return
  312            * /
  313           pu blic List< UpdateResp onse> crea teQueriesA ndResponse (String co mmand, Upd ateTripleD TO dto) {
  314                    List <UpdateRes ponse> que ries = new  ArrayList <UpdateRes ponse>();
  315  
  316                    for  (TripleDTO  prop : dt o.getPrope rties()) {
  317                             String  askForm =  "ASK { "  + quoteUri (prop.getS ()) + " "  + quoteUri (prop.getP ()) + " "  + quoteLit eral(prop. getO()) +  ";}";
  318                             String  query = c ommand + "  { " + quo teUri(prop .getS()) +  " " + quo teUri(prop .getP()) +  " " + quo teLiteral( prop.getO( )) + ";}";
  319  
  320                             querie s.add(new  UpdateResp onse(query , "", askF orm));
  321                    }
  322                    retu rn queries ;
  323           }
  324  
  325           /* *
  326            *  Adds angu lar bracke ts to reso urces.. Th is is done  because S PARQL need s
  327            *  resource  to be in a ngular bra ckets
  328            *  
  329            *  @param ur i
  330            *  @return
  331            * /
  332           pu blic Strin g quoteUri (String ur i) {
  333                    if ( uri.starts With("<"))  {
  334                             return  uri;
  335                    }
  336  
  337                    retu rn "<" + u ri + ">";
  338           }
  339  
  340           /* *
  341            *  Adds doub le quotes  to literal s.. This i s done bec ause SPARQ L needs li terals
  342            *  to be dou ble quoted
  343            *  
  344            *  @param qu ery
  345            *  @return
  346            * /
  347           pu blic Strin g quoteLit eral(Strin g query) {
  348                    if ( query.star tsWith("<" )) {
  349                             return  query;
  350                    }
  351                    retu rn "\"" +  query + "\ "";
  352           }
  353   }

Araxis Merge (but not the data content of this report) is Copyright © 1993-2016 Araxis Ltd (www.araxis.com). All rights reserved.