100. EPMO Open Source Coordination Office Redaction File Detail Report

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100.1 Files compared

# Location File Last Modified
1 NVCC_2.2_01162018.zip\NVCC\SQL usp_PMUpdateMasterLabIndexFromLOINC.sql Thu Oct 19 16:37:26 2017 UTC
2 NVCC_2.2_01162018.zip\NVCC\SQL usp_PMUpdateMasterLabIndexFromLOINC.sql Wed Jan 31 13:43:48 2018 UTC

100.2 Comparison summary

Description Between
Files 1 and 2
Text Blocks Lines
Unchanged 2 482
Changed 1 2
Inserted 0 0
Removed 0 0

100.3 Comparison options

Whitespace
Character case Differences in character case are significant
Line endings Differences in line endings (CR and LF characters) are ignored
CR/LF characters Not shown in the comparison detail

100.4 Active regular expressions

No regular expressions were active.

100.5 Comparison detail

  1   USE [NWIC_ PanelMgmt]
  2   GO
  3  
  4   SET ANSI_N ULLS ON
  5   GO
  6  
  7   SET QUOTED _IDENTIFIE R ON
  8   GO
  9  
  10   ALTER PROC EDURE [Pan elMgmt].[u sp_PMUpdat eMasterLab IndexFromL OINC] 
  11   AS
  12   --======== ========== ========== ========== ========== ========== ========== ========== ===
  13   --Requesto r                                : Jianji Y ang
  14   --Author                  : Jerr y Kohler ( Original s cript by S teve Schre iner)
  15   --Object/S P Name                  : [Panel Mgmt].[usp _PMUpdateM asterLabIn dexfromLOI NC]
  16   --SERVER                                    :  SERVER        
  17   --Data Bas e                                : NWIC_Pan elMgmt
  18   --Schema                                    : PanelMgm t
  19   --Report                                    : None Yet
  20   --Folder                                    :
  21   --Report L oc             : 
  22   --Job                     : None
  23   --Job Loc                 : None
  24   --Note                    : 
  25   --Date Cre ated           : 12-2 8-2015
  26   --Last Cha nged           :   
  27   --Last Cha nged By                 : 
  28   --Reason F or Change               :                                 
  29   --Purpose                 : Upda te Panel M anagement  Master Lab  Index tab le 
  30   --                          with  lab test  that have  valid LOIN C codes.   This is do ne
  31   --                          thro ugh the BI SL's incre mental upd ate method  in the fi rst
  32   --                          sect ion.  This  is done t o decrease  the proce ssing time
  33   --                          and  conserve s erver reso urces.
  34   --======== ========== ========== ========== ========== ========== ========== ========== ===
  35   SET NOCOUN T on
  36  
  37   BEGIN
  38       /* 
  39       Locate  and load  the outsta nding Chem .LabChem b atches sin ce the
  40       last e xecution r ather than  processin g the enti re Chem.La bChem view .
  41       */
  42  
  43           -- declare ba tch variab les and cu rsor
  44           DE CLARE @ETL BatchID    AS INT, @E xtractBatc hID AS INT ;
  45           DE CLARE @DWV iewSchema  AS VARCHAR (50) = 'Ch em';
  46           DE CLARE @DWV iewName    AS VARCHAR (50) = 'La bChem';
  47  
  48  
  49       DECLAR E BatchCur sor CURSOR  STATIC FO R
  50           -- get batch  ids
  51               SELECT EX .ETLBatchI D, EX.Extr actBatchID
  52               FROM SPV. EB.Extract Batch AS E X
  53               INNER JOI N Dflt.Ext ractBatchL og AS EL
  54                   ON EX .DWViewSch ema = EL.D WViewSchem a AND EX.D WViewName  = EL.DWVie wName
  55               WHERE EX. DWViewSche ma = @DWVi ewSchema
  56            A ND EX.DWVi ewname   =  @DWViewNa me
  57            A ND EX.Extr actBatchID  > EL.Last ExtractBat chID
  58               ORDER BY  EX.Extract BatchID;
  59  
  60           OP EN BatchCu rsor;
  61           FE TCH NEXT F ROM BatchC ursor INTO  @ETLBatch ID, @Extra ctBatchID;
  62  
  63           WH ILE @@FETC H_STATUS =  0
  64           BE GIN
  65  
  66           IF  (SELECT O BJECT_ID(' tempdb..#L abChemPrep ')) IS NOT  NULL
  67           DR OP TABLE # LabChemPre p
  68  
  69                    -- t he lab res ults load  table has  duplicate  records, w hich the
  70           --  MERGE sta tement wil l not tole rate.  Try  and get t he latest
  71           --  record fo r each Lab ChemTestSI D in the b atch by so rting on
  72           --  specimen  date time  descending  within th at LabChem TestSID
  73                    SELE CT [Sta3n]
  74                  ,[LabC hemTestSID ]
  75                  ,[LOIN CSID]
  76                  ,[LabC hemSpecime nDateTime]
  77                  ,[LabC hemComplet eDateTime]
  78                  ,[ETLB atchID]
  79                  ,[OpCo de]
  80                  ,[Vist aCreateDat e]
  81                  ,[Vist aEditDate]
  82                  ,row_n umber() ov er (Partit ion by Lab ChemTestSI D
  83                                            or der by Lab ChemTestSI D, LabChem SpecimenDa teTime DES C) AS RN
  84           IN TO #LabChe mPrep
  85                    FROM  SPV.Chem. LabChem
  86                    WHER E ETLBatch ID = @ETLB atchID             
  87  
  88                    -- m erge data  into produ ction(dest ination) t able
  89                    MERG E 
  90                             ETL.Pr odLabChem  AS D
  91                    USIN G
  92                             (
  93                                      SELECT [ Sta3n]
  94                           ,[LabChe mTestSID]
  95                           ,[LOINCS ID]
  96                           ,[LabChe mSpecimenD ateTime]
  97                           ,[LabChe mCompleteD ateTime]
  98                           ,[ETLBat chID]
  99                           ,[OpCode ]
  100                           ,[VistaC reateDate]
  101                           ,[VistaE ditDate]
  102                           ,RN
  103                                      FROM #La bChemPrep
  104                                      WHERE ET LBatchID =  @ETLBatch ID
  105                      AN D RN = 1 - - the late st record  for a give n LabChemT estSID
  106                             ) AS M
  107                    ON
  108                             D.LabC hemTestSID  = M.LabCh emTestSID
  109                    WHEN  NOT MATCH ED THEN
  110                             INSERT
  111                                      (
  112                                                  [Sta3n]
  113                           ,[LabChe mTestSID]
  114                           ,[LOINCS ID]
  115                           ,[LabChe mSpecimenD ateTime]
  116                           ,[LabChe mCompleteD ateTime]
  117                           ,[ETLBat chID]
  118                           ,[OpCode ]
  119                           ,[VistaC reateDate]
  120                           ,[VistaE ditDate]
  121                                      )
  122                             VALUES
  123                                      (
  124                          M.[Sta3n]
  125                         ,M.[LabChe mTestSID]
  126                         ,M.[LOINCS ID]
  127                         ,M.[LabChe mSpecimenD ateTime]
  128                         ,M.[LabChe mCompleteD ateTime]
  129                         ,M.[ETLBat chID]
  130                         ,M.[OpCode ]
  131                         ,M.[VistaC reateDate]
  132                         ,M.[VistaE ditDate]
  133  
  134                                      )
  135                    WHEN  MATCHED T HEN
  136                             UPDATE  SET
  137                            [Sta3n]                     =  M.[Sta3n]
  138                                                 ,[LabChe mTestSID]           =  M.[LabChe mTestSID]
  139                           ,[LOINCS ID]                 =  M.[LOINCS ID]
  140                           ,[LabChe mSpecimenD ateTime] =  M.[LabChe mSpecimenD ateTime]
  141                           ,[LabChe mCompleteD ateTime] =  M.[LabChe mCompleteD ateTime]
  142                           ,[ETLBat chID]               =  M.[ETLBat chID]
  143                           ,[OpCode ]                   =  M.[OpCode ]
  144                           ,[VistaC reateDate]          =  M.[VistaC reateDate]
  145                           ,[VistaE ditDate]            =  M.[VistaE ditDate]
  146                    ;
  147  
  148                    -- a fter mergi ng batch t hen update  the Extra ctBatchLog  table
  149                    UPDA TE Dflt.Ex tractBatch Log
  150                       S ET LastExt ractBatchI D = @Extra ctBatchID,  LastExtra ctDateTime  = GETDATE ()
  151            W HERE DWVie wSchema =  @DWViewSch ema
  152               AND DWVie wName   =  @DWViewNam e;
  153  
  154                    -- g rab the ne xt batch f or process ing
  155                    FETC H NEXT FRO M BatchCur sor INTO @ ETLBatchID , @Extract BatchID;
  156           EN D
  157  
  158           --  close and  deallocat e the curs or once al l batches  for a give n table ha ve been pr ocessed
  159           CL OSE BatchC ursor;
  160           DE ALLOCATE B atchCursor ;
  161  
  162   --
  163   --
  164   --
  165   --  Using  the increm entally up dated ETL. ProdLabChe m rather t han the fu ll
  166   --  CDWWor k.Dim.Labc hem view,  insert new  lab tests  into [Pan elMgmt].[P MMasterLab Index] 
  167   --
  168   --
  169   --
  170      -- all  LOINC SIDS  for all s tations de fined in P MMasterCoh ortSite
  171      IF (SEL ECT OBJECT _ID('tempd b..#TempLO INCSID'))  IS NOT NUL L
  172      DROP TA BLE #TempL OINCSID
  173  
  174      select  li.LOINCSI D
  175              ,li.Sta3n
  176              ,lc.LOINC
  177              ,lc.TestGr oup
  178              ,lc.Result ForTestNum eric
  179              ,dateadd(y y,lc.YearS earchCrite ria,getdat e()) as Ye arSearchDa te
  180      into #T empLOINCSI D
  181      from [P anelMgmt]. [PMMasterC ohortLabTe stGroupsLO INCCodes]  as lc
  182      inner j oin [CDWWo rk].[dim]. [LOINC] as  li on lc. LOINC = li .LOINC
  183      inner j oin [Panel Mgmt].[PMM asterCohor tSite] as  cs on li.S ta3n = cs. Sta3n;
  184  
  185  
  186      -- base d on LOINC  codes, ar e there an y new lab  tests we d o NOT
  187      -- alre ady have i n PMMaster LabIndex?
  188      IF (SEL ECT OBJECT _ID('tempd b..#Insert TheseRecor ds')) IS N OT NULL
  189      DROP TA BLE #Inser tTheseReco rds
  190  
  191      select  distinct l i.LabChemT estSID
  192                                        ,li.St a3n
  193                                        ,li.La bChemTestN ame
  194                                        ,tl.Re sultForTes tNumeric
  195                                        ,getda te() as Da teExtracte d
  196                                        ,tl.Te stGroup
  197                                        ,tl.LO INC
  198                                        ,NULL  as Workloa dCode
  199      into          #Ins ertTheseRe cords
  200      from                   [NWIC_ PanelMgmt] .[ETL].Pro dLabChem l c
  201      inner j oin   [CDW Work].[Dim ].[LabChem Test] as l i on lc.La bChemTestS ID = li.La bChemTestS ID
  202      inner j oin   #Tem pLOINCSID  tl on lc.S ta3n = li. Sta3n AND  lc.LabChem CompleteDa teTime > t l.YearSear chDate
  203      where         lc.L OINCSID =  tl.LOINCSI D
  204        and         not  exists (se lect ni.La bChemTestS ID
  205                                                     from  [PanelMgm t].[PMMast erLabIndex ] as ni
  206                                                             where l i.LabChemT estSID = n i.LabChemT estSID
  207                                                                   a nd li.Sta3 n = ni.Sta 3n);
  208  
  209      Insert  into [Pane lMgmt].[PM MasterLabI ndex]
  210      (
  211         LabC hemTestSID ,
  212         Sta3 n,
  213         LabC hemTestNam e,
  214         Resu ltForTestN umeric,
  215         Date Extracted,
  216         Test Group,
  217         LOIN C,
  218         Work LoadCode
  219      )
  220      Select  LabChemTes tSID,
  221              Sta3n,
  222              LabChemTes tName,
  223              ResultForT estNumeric ,
  224              DateExtrac ted,
  225              TestGroup,
  226              LOINC,
  227              WorkLoadCo de
  228       From # InsertThes eRecords
  229      
  230      Drop ta ble #Inser tTheseReco rds
  231   --select t op 1000 *  from #Inse rtTheseRec ords
  232   --select *  from #Ins ertTheseRe cords wher e LabChemT estSID in  (select La bChemTestS ID from [P anelMgmt]. [PMMasterL abIndex])
  233   --select d istinct da teextracte d from #In sertTheseR ecords
  234   --select c ount(*) fr om #Insert TheseRecor ds
  235   --select a .*, b.* fr om #Insert TheseRecor ds a join  cdwwork.di m.labchemt est b on b .LabChemTe stSID = a. LabChemTes tSID
  236   --select a .* from #I nsertThese Records a  join cdwwo rk.dim.lab chemtest b  on b.LabC hemTestSID  = a.LabCh emTestSID  where b.St a3n != a.S ta3n
  237  
  238      UPDATE  [PanelMgmt ].[PMMaste rCohortLab TestGroups LOINCCodes ]
  239         set  LastUpdate  = cast(ge tdate() as  date);
  240  
  241   END
  242  

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