275. EPMO Open Source Coordination Office Redaction File Detail Report

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275.1 Files compared

# Location File Last Modified
1 IV-eHMP_CIF.zip\IMAG_Source\VISA\Java\ImagingDicomDCFUtilities\src\java\gov\va\med\imaging\dicom\dcftoolkit\utilities\reconstitution DicomFileExtractor.java Mon Dec 4 21:35:16 2017 UTC
2 IV-eHMP_CIF.zip\IMAG_Source\VISA\Java\ImagingDicomDCFUtilities\src\java\gov\va\med\imaging\dicom\dcftoolkit\utilities\reconstitution DicomFileExtractor.java Mon Dec 4 22:02:42 2017 UTC

275.2 Comparison summary

Description Between
Files 1 and 2
Text Blocks Lines
Unchanged 2 372
Changed 1 2
Inserted 0 0
Removed 0 0

275.3 Comparison options

Whitespace
Character case Differences in character case are significant
Line endings Differences in line endings (CR and LF characters) are ignored
CR/LF characters Not shown in the comparison detail

275.4 Active regular expressions

No regular expressions were active.

275.5 Comparison detail

  1   /**
  2    * 
  3     Package:  MAG - Vis tA Imaging
  4     WARNING:  Per VHA D irective 2 004-038, t his routin e should n ot be modi fied.
  5     Date Cre ated: Dece mber 13, 2 006
  6     Site Nam e:  Washin gton OI Fi eld Office , Silver S pring, MD
  7       Developer:          
PETERB
  8     Descript ion: 
  9  
  10           ;;  +-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- +
  11           ;;  Property  of the US  Government .
  12           ;;  No permis sion to co py or redi stribute t his softwa re is give n.
  13           ;;  Use of un released v ersions of  this soft ware requi res the us er
  14           ;;   to execu te a writt en test ag reement wi th the Vis tA Imaging
  15           ;;   Developm ent Office  of the De partment o f Veterans  Affairs,
  16           ;;   telephon e (301) 73 4-0100.
  17           ;;
  18           ;;  The Food  and Drug A dministrat ion classi fies this  software a s
  19           ;;  a Class I I medical  device.  A s such, it  may not b e changed
  20           ;;  in any wa y.  Modifi cations to  this soft ware may r esult in a n
  21           ;;  adulterat ed medical  device un der 21CFR8 20, the us e of which
  22           ;;  is consid ered to be  a violati on of US F ederal Sta tutes.
  23           ;;  +-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- +
  24    */
  25   package go v.va.med.i maging.dic om.dcftool kit.utilit ies.recons titution;
  26  
  27   // import  java.io.By teArrayOut putStream;
  28   // import  java.io.IO Exception;
  29   // import  java.nio.B yteOrder;
  30  
  31   import gov .va.med.im aging.Size dInputStre am;
  32   import gov .va.med.im aging.dico m.common.i nterfaces. IDicomData Set;
  33   import gov .va.med.im aging.dico m.dcftoolk it.common. impl.Dicom DataSetImp l;
  34   import gov .va.med.im aging.dico m.dcftoolk it.utiliti es.excepti ons.DicomF ileExcepti on;
  35  
  36   import org .apache.lo gging.log4 j.LogManag er;
  37   import org .apache.lo gging.log4 j.Logger;
  38  
  39   import com .lbs.DCS.A ttributeTa g;
  40   import com .lbs.DCS.D CSExceptio n;
  41   import com .lbs.DCS.D icomDataSe t;
  42   import com .lbs.DCS.D icomElemen t;
  43   import com .lbs.DCS.D icomFileIn put;
  44   import com .lbs.DCS.D icomSessio nSettings;
  45   import com .lbs.DCS.D icomStream Reader;
  46  
  47   /**
  48    *
  49    * @author  William P eterson
  50    *
  51    */
  52   public cla ss DicomFi leExtracto r {
  53           // IMPROVE Co rrect this  class to  match my i mplementat ion in P66 .  In P66,  this clas s did not  have insta nce variab les.
  54       IDicom DataSet to olkitDDS;
  55       DicomD ataSet  dD S;
  56  
  57       //priv ate static  Logger LO GGER = Log Manager.ge tLogger (D icomFileEx tractor.cl ass);
  58           pr ivate stat ic Logger  logger = L ogManager. getLogger  (DicomFile Extractor. class);
  59  
  60       /**
  61        * Con structor
  62        *
  63        * 
  64        */
  65       public  DicomFile Extractor( ) {
  66           su per();
  67           //  TODO Auto -generated  construct or stub
  68       }
  69  
  70       public  IDicomDat aSet getDD SFromDicom File(Strin g dicomFil e)throws D icomFileEx ception{
  71           
  72           Di comFileInp ut fileInp ut = null;
  73           th is.dDS = n ull;
  74           St ring tsUID  = null;
  75           
  76           tr y{
  77                fileInpu t = new Di comFileInp ut(dicomFi le);
  78                fileInpu t.open();
  79                this.dDS  = fileInp ut.readDat aSet();
  80                tsUID =  fileInput. getActualT SUID();
  81                if(fileI nput.chapt er10Encodi ng()){
  82                    logg er.debug(t his.getCla ss().getNa me()+": Ch apter 10 E ncoding.") ;
  83                }
  84                else{
  85                    logg er.debug(t his.getCla ss().getNa me()+": No t Chapter  10 Encodin g.");
  86                }
  87                logger.d ebug("Tran sfer Synta x is "+fil eInput.tra nsferSynta x());
  88                //IMPROV E I have t his commen ted out fo r a reason  in P66.   Test it bo th ways.
  89                fileInpu t.close();
  90           }
  91           ca tch(DCSExc eption dcs e){
  92                logger.e rror(dcse. getMessage ());
  93                logger.e rror(this. getClass() .getName() +": Dicom  Toolkit la yer: " +
  94                         "Exception  thrown wh ile gettin g Dicom Da taset from  Dicom Fil e.");
  95                throw ne w DicomFil eException ("Failure  to extract  Dicom Dat aset from  Dicom file  "+dicomFi le+".",dcs e);
  96           }
  97           fi nally{
  98                    if(f ileInput ! = null){
  99                             try{
  100                                      fileInpu t.close();
  101                             }
  102                             catch  (Throwable  T){
  103                                      logger.e rror(this. getClass() .getName() +": Dicom  Toolkit la yer: "+
  104                                                       "E xception t hrown whil e closing  Dicom File  "+dicomFi le+".");
  105                             }
  106                             System .gc();
  107                    }
  108           }
  109           th is.removeM etaData(th is.dDS);
  110           re turn this. encapsulat eDDS(tsUID );
  111       }
  112  
  113       public  IDicomDat aSet getDD SFromDicom Stream(Siz edInputStr eam sizedD icomStream )throws Di comFileExc eption{
  114           
  115       String  tsUID = n ull;    
  116       try{
  117           //  read Inpu tStream in to a ByteB uffer
  118           Di comSession Settings d ss = new D icomSessio nSettings( );
  119           Di comStreamR eader read er = new D icomStream Reader(siz edDicomStr eam.getInS tream(), d ss);
  120                DicomFil eInput dfi  = new Dic omFileInpu t(
  121                    read er,
  122                    null , // UID.T RANSFERLIT TLEENDIAN,  cpt 4/12/ 11 -- remo ved as DCF  3.3.22c f igures the  right TS  of of a pa rt10 file!  (and we u se only Pa rt10 files )!
  123                    dss  );
  124           dD S = dfi.re adDataSet( );
  125           ts UID = dfi. getActualT SUID();
  126       }
  127           ca tch(DCSExc eption dcs e){
  128                logger.e rror("Erro r: " + dcs e.getMessa ge());
  129                logger.e rror("Dico m Toolkit  layer: " +
  130                         "Exception  thrown wh ile gettin g Dicom Da taset from  Dicom Str eam.");
  131                throw ne w DicomFil eException ("Failure  to extract  Dicom Dat aset from  Dicom Stre am.", dcse );
  132           }
  133           th is.removeM etaData(th is.dDS);
  134           re turn this. encapsulat eDDS(tsUID );
  135       }
  136       
  137       //IMPR OVE Make i t configur able outsi de of this  class.
  138       privat e void rem oveElement (String el ement){
  139           bo olean elem entRemoved =false;
  140           tr y{
  141                    Attr ibuteTag a T = new At tributeTag (element);
  142                    elem entRemoved =dDS.remov eElement(a T);
  143           }
  144           ca tch(DCSExc eption e){
  145           }
  146           if  (elementR emoved){
  147                logger.i nfo("DICOM  Element ( " + elemen t + ") rem oved");
  148          }
  149       }
  150       
  151       privat e void rem oveMetaDat a(DicomDat aSet dds){
  152           bo olean isMe taData = t rue;
  153           in t i = 0;
  154           wh ile (isMet aData){
  155                    Dico mElement e lement = d ds.getElem entAt(i);
  156                    Attr ibuteTag t ag = eleme nt.tag();
  157                    int  group = ta g.group();
  158                    if(g roup <= 0x 0002){
  159                             dds.re moveElemen t(tag);
  160                    }
  161                    else {
  162                             isMeta Data = fal se;
  163                    }
  164           }        
  165       }
  166       
  167       privat e IDicomDa taSet enca psulateDDS (String tr ansferSynt ax){
  168        
  169           lo gger.info( "...Encaps ulating Di comDataSet ...");
  170           //  Remove un wanted GE  private ta gs
  171           // IMPROVE  M ake config urable out side of th is class.
  172           re moveElemen t("6003,00 10");
  173           re moveElemen t("6003,10 10");
  174           re moveElemen t("7fe1,00 10");
  175           re moveElemen t("7fe1,10 01");
  176           tr y{
  177                toolkitD DS = new D icomDataSe tImpl(dDS) ;
  178                toolkitD DS.setRece ivedTransf erSyntax(t ransferSyn tax);
  179           }
  180           ca tch(Except ion e){
  181                logger.e rror("Erro r: " + e.g etMessage( ));
  182                logger.e rror("Dico m Toolkit  layer: Exc eption thr own while  encapsulat ing the Di com DataSe t.");
  183                e.printS tackTrace( );
  184           }
  185           re turn toolk itDDS;
  186       }
  187   }

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