10. EPMO Open Source Coordination Office Redaction File Detail Report

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10.1 Files compared

# Location File Last Modified
1 cds.zip\cds\product\production\cdsinvocation\cds-invocation\src\test\java\com\cognitive\cds\invocation\fhir FhirDataRetrieverTest.java Wed Jul 12 18:43:52 2017 UTC
2 cds.zip\cds\product\production\cdsinvocation\cds-invocation\src\test\java\com\cognitive\cds\invocation\fhir FhirDataRetrieverTest.java Thu Sep 28 16:13:39 2017 UTC

10.2 Comparison summary

Description Between
Files 1 and 2
Text Blocks Lines
Unchanged 3 1214
Changed 2 4
Inserted 0 0
Removed 0 0

10.3 Comparison options

Whitespace
Character case Differences in character case are significant
Line endings Differences in line endings (CR and LF characters) are ignored
CR/LF characters Not shown in the comparison detail

10.4 Active regular expressions

No regular expressions were active.

10.5 Comparison detail

  1   /*
  2    * COPYRIG HT STATUS:  © 2015, 2 016.  This  work, aut hored by C ognitive M edical Sys tems
  3    * employe es, was fu nded in wh ole or in  part by Th e Departme nt of Vete rans
  4    * Affairs  under U.S . Governme nt contrac t VA118-11 -D-1011 /  VA118-1011 -0013.
  5    * The cop yright hol der agrees  to post o r allow th e Governme nt to post  all or
  6    * part of  this work  in open-s ource repo sitories s ubject to  the Apache  License,
  7    * Version  2.0, date d January  2004. All  other righ ts are res erved by t he
  8    * copyrig ht owner.
  9    *
  10    * For use  outside t he Governm ent, the f ollowing n otice appl ies:
  11    *
  12    *     Cop yright 201 5 © Cognit ive Medica l Systems
  13    *
  14    *     Lic ensed unde r the Apac he License , Version  2.0 (the " License");  you may
  15    *     not  use this  file excep t in compl iance with  the Licen se. You ma y obtain
  16    *     a c opy of the  License a t http://w ww.apache. org/licens es/LICENSE -2.0
  17    *
  18    *     Unl ess requir ed by appl icable law  or agreed  to in wri ting, soft ware
  19    *     dis tributed u nder the L icense is  distribute d on an "A S IS" BASI S,
  20    *     WIT HOUT WARRA NTIES OR C ONDITIONS  OF ANY KIN D, either  express or  implied.
  21    *     See  the Licen se for the  specific  language g overning p ermissions  and
  22    *     lim itations u nder the L icense.
  23    *
  24    */
  25   package co m.cognitiv e.cds.invo cation.fhi r;
  26  
  27   import sta tic org.ju nit.Assert .assertEqu als;
  28   import sta tic org.ju nit.Assert .assertTru e;
  29   import sta tic org.ju nit.Assert .fail;
  30  
  31   import jav a.io.Buffe redReader;
  32   import jav a.io.IOExc eption;
  33   import jav a.io.Input Stream;
  34   import jav a.io.Input StreamRead er;
  35   import jav a.io.Unsup portedEnco dingExcept ion;
  36   import jav a.net.Malf ormedURLEx ception;
  37   import jav a.nio.char set.Charse t;
  38   import jav a.util.Arr ayList;
  39   import jav a.util.Lis t;
  40  
  41   import jav ax.ws.rs.c ore.MediaT ype;
  42   import jav ax.ws.rs.c ore.Respon se;
  43  
  44   import org .apache.cx f.helpers. IOUtils;
  45   import org .apache.cx f.jaxrs.cl ient.WebCl ient;
  46   import org .junit.Aft er;
  47   import org .junit.Aft erClass;
  48   import org .junit.Bef ore;
  49   import org .junit.Bef oreClass;
  50   import org .junit.Ign ore;
  51   import org .junit.Tes t;
  52   import org .junit.run ner.RunWit h;
  53   import org .springfra mework.bea ns.factory .annotatio n.Autowire d;
  54   import org .springfra mework.bea ns.factory .annotatio n.Qualifie r;
  55   import org .springfra mework.tes t.context. ContextCon figuration ;
  56   import org .springfra mework.tes t.context. junit4.Spr ingJUnit4C lassRunner ;
  57  
  58   import com .cognitive .cds.invoc ation.util .FhirUtils ;
  59  
  60   import ca. uhn.fhir.c ontext.Fhi rContext;
  61   import ca. uhn.fhir.m odel.api.I Resource;
  62   import ca. uhn.fhir.m odel.base. resource.B aseOperati onOutcome. BaseIssue;
  63   import ca. uhn.fhir.m odel.dstu2 .resource. Bundle;
  64   import ca. uhn.fhir.m odel.dstu2 .resource. Bundle.Ent ry;
  65   import ca. uhn.fhir.m odel.dstu2 .resource. Observatio n;
  66   import ca. uhn.fhir.m odel.dstu2 .resource. Patient;
  67   import ca. uhn.fhir.m odel.dstu2 .valueset. BundleType Enum;
  68   import ca. uhn.fhir.m odel.primi tive.IdDt;
  69   import ca. uhn.fhir.p arser.IPar ser;
  70   import ca. uhn.fhir.p arser.XmlP arser;
  71   import ca. uhn.fhir.v alidation. FhirValida tor;
  72   import ca. uhn.fhir.v alidation. Validation Result;
  73  
  74   /**
  75    *
  76    * @author  tnguyen
  77    */
  78   @RunWith(S pringJUnit 4ClassRunn er.class)
  79   @ContextCo nfiguratio n(location s = { "cla sspath:fhi rcontext-t est.xml" } )
  80   public cla ss FhirDat aRetriever Test {
  81  
  82       privat e static f inal org.s lf4j.Logge r log = or g.slf4j.Lo ggerFactor y.getLogge r(FhirData RetrieverT est.class) ;
  83  
  84       @Autow ired
  85       @Quali fier("retr ieveFhirDa ta")
  86       FhirDa taRetrieve r instance ;
  87  
  88       public  FhirDataR etrieverTe st() {
  89       }
  90  
  91       @Befor eClass
  92       public  static vo id setUpCl ass() {
  93       }
  94  
  95       @After Class
  96       public  static vo id tearDow nClass() {
  97       }
  98  
  99       @Befor e
  100       public  void setU p() {
  101  
  102       }
  103  
  104       @After
  105       public  void tear Down() {
  106       }
  107  
  108       /**
  109        * Tes t parsing  and valida ting a DST U2 bundle  and DSTU2  simple dat a response
  110        * (pr ocessing a  captured  data from  RDK run)
  111        * 
  112        * USI NG TEST DA TA FILE: s ampleRDKFh ir-Patient _dstu2.jso n
  113        * sam pleRDKFhir -HealthFac tors.json  now social -history
  114        * 
  115        * @th rows IOExc eption
  116        */
  117       @Ignor e("Develop ment Test  only")
  118       @Test
  119       public  void test HAPIParser _DSTU2() t hrows IOEx ception {
  120  
  121           lo g.trace("\ n\n======= ========== ====> TEST ING: testH APIParser_ DSTU2 <=== ========== ======== " );
  122  
  123           St ring msg;
  124           Va lidationRe sult valid ationResul t;
  125  
  126           //  --------- ---------- -------
  127           //  PARSE ent ry fom rep sonse
  128           //  --------- ---------- -------
  129  
  130           IP arser p =  FhirUtils. newJsonPar ser();
  131  
  132           //  --------- ---------- -------
  133           //  Setup the  schema fo r validati ng
  134           //  --------- ---------- -------
  135           Fh irValidato r val = Fh irUtils.ge tContext() .newValida tor();
  136           va l.setValid ateAgainst StandardSc hema(true) ;
  137           va l.setValid ateAgainst StandardSc hematron(t rue);
  138  
  139           //  --------- ---------- ---------- ------
  140           //  Parsing &  Validatin g a Simple  json: PAT IENT as si mple resou rce
  141           //  --------- ---------- ---------- ------
  142           ms g = IOUtil s.toString (XmlParser .class.get ResourceAs Stream("/s ampleRDKFh ir-Patient _dstu2.jso n"));
  143           Pa tient res  = p.parseR esource(Pa tient.clas s, msg);
  144  
  145           lo g.trace("\ n......... .... PARSI NG SIMPLE. .......... ..");
  146           lo g.trace("N AME:  " +  res.getRes ourceName( ));
  147           lo g.trace("G ENDER:  "  + res.getG enderEleme nt().getVa lueAsStrin g());
  148  
  149           va lidationRe sult = val .validateW ithResult( res);
  150           as sertTrue(" Validating  sampleRDK Fhir-Patie nt_dstu2.j son", vali dationResu lt.isSucce ssful());
  151  
  152           //  now part  of observa tion
  153           //  --------- ---------- ---------- ------
  154           //  Parsing &  Validatin g a Bundle  json
  155           //  --------- ---------- ---------- ------
  156           ms g = IOUtil s.toString (XmlParser .class.get ResourceAs Stream("/s ampleRDKFh ir-HealthF actors.jso n"));
  157           Bu ndle bundl e = (Bundl e) p.parse Resource(m sg);
  158           va lidationRe sult = val .validateW ithResult( bundle);
  159  
  160           if  (!validat ionResult. isSuccessf ul()) {
  161                log.erro r("\n----- ---------- ---------- ---------- --------\n ");
  162                for (Bas eIssue iss ue : valid ationResul t.getOpera tionOutcom e().getIss ue()) {
  163                    log. error(issu e.getDetai lsElement( ).getValue AsString() );
  164                }
  165                log.erro r("\n----- ---------- ---------- ---------- --------\n ");
  166                assertTr ue("sample RDKFhir-He althFactor s.json", v alidationR esult.isSu ccessful() );
  167           }
  168  
  169           //  GETTING f irst resou rce
  170           En try e = bu ndle.getEn try().get( 0);
  171           IR esource re source = e .getResour ce();
  172  
  173           lo g.trace("\ n......... .... PARSI NG BUNDLE. .......... ..");
  174           lo g.trace("F IRST RESOU RCE NAME:  " + resour ce.getReso urceName() );
  175           lo g.trace(re source.get ResourceMe tadata().t oString()) ;
  176  
  177           as sertEquals (Observati on.class,  resource.g etClass()) ;
  178  
  179           //  DETERMINI NG WHICH R ESOURCETYP E the reso urce is
  180           if  (resource .getClass( ).equals(P atient.cla ss)) {
  181                Patient  pt = (Pati ent) resou rce;
  182                log.trac e("GENDER  " + pt.get Gender());
  183                log.trac e("MARITAL  ms.text:  " + pt.get MaritalSta tus().getT ext());
  184                log.trac e("MARITAL  ms.coding : " + pt.g etMaritalS tatus().ge tCoding()) ;
  185                log.trac e("MARITAL  ms.coding .display:  " + pt.get MaritalSta tus().getC odingFirst Rep().getD isplay());
  186           }
  187  
  188           IR esource aC ontained =  e.getReso urce().get Contained( ).getConta inedResour ces().get( 0);
  189           lo g.trace("C ONTAINED S IZE: " + e .getResour ce().getCo ntained(). getContain edResource s().size() );
  190           lo g.trace("C ONTAINED R ESOURCENAM E: " + aCo ntained.ge tResourceN ame());
  191  
  192           tr y {
  193                msg = IO Utils.toSt ring(XmlPa rser.class .getResour ceAsStream ("/sampleR DKFhir-Pat ient_dstu2 .json"));
  194                Patient  b = p.pars eResource( Patient.cl ass, msg);
  195           }  catch (ca. uhn.fhir.p arser.Data FormatExce ption ex)  {
  196                fail("Ex ception pa rsing a pa tient: " +  ex.getMes sage());
  197  
  198           }
  199  
  200           tr y {
  201                msg = IO Utils.toSt ring(XmlPa rser.class .getResour ceAsStream ("/sampleR DKFhir-Pat ient_dstu2 _bundle.js on"));
  202                IResourc e i = p.pa rseResourc e(msg);
  203                if (!(i  instanceof  Bundle))  {
  204                    fail ("Parsed r esource is  not a bun dle, but r ather a "  + i.getRes ourceName( ));
  205                }
  206           }  catch (ca. uhn.fhir.p arser.Data FormatExce ption ex)  {
  207                fail("Ex ception pa rsing a bu ndle: " +  ex.getMess age());
  208           }
  209       }
  210  
  211       /**
  212        * 
  213        * Tes t parsing  and valida ting a DST U2 bundle  of multipl e resource s data
  214        * res ponse (pro cessing a  captured d ata from R DK run)
  215        * 
  216        * @th rows IOExc eption
  217        */
  218       @Ignor e("Develop ment Test  only")
  219       @Test
  220       public  void test HAPIBundli ngOfMultip leResource s() throws  IOExcepti on {
  221  
  222           lo g.trace("\ n\n======= ========== ====> TEST ING: testH APIBundlin gOfMultipl eResources  <======== ====== ");
  223  
  224           St ring msg;
  225           Bu ndle bundl eout = new  Bundle();
  226  
  227           //  --------- ---------- -------
  228           //  PREP HAPI  CONTEXT A ND PARSER
  229           //  --------- ---------- -------
  230           Fh irContext  hapiFhirCt x = new Fh irContext( );
  231           ha piFhirCtx  = FhirCont ext.forDst u2();
  232           IP arser p =  hapiFhirCt x.newJsonP arser();
  233  
  234           //  --------- ---------- ---------- ----
  235           //  READ IN S TATIC SIMP LE DATA fr om a sourc e and add  to new bun dle
  236           //  (bundleou t)
  237           //  --------- ---------- ---------- ----
  238           ms g = IOUtil s.toString (XmlParser .class.get ResourceAs Stream("/s ampleRDKFh ir-Patient _dstu2.jso n"));
  239           Pa tient res  = p.parseR esource(Pa tient.clas s, msg);
  240           bu ndleout.ad dEntry().s etResource (res);
  241  
  242           //  PRINT OUT  NEW BUNDL E bundleou t
  243           St ring outst r = hapiFh irCtx.newJ sonParser( ).encodeRe sourceToSt ring(bundl eout);
  244           lo g.trace("N EW BUNDLE  AFTER SIMP LE:\n" + o utstr);
  245  
  246           //  --------- ---------- ---------- ----
  247           //  READ IN S TATIC BUND LE DATA fr om a sourc e
  248           //  Tester: s ampleRDKFh ir-Patient AndPatient _dstu2_bun dle.json
  249           //  (a bundle  containin g two pati ents entri es)
  250           //  --------- ---------- ---------- ----
  251           ms g = IOUtil s.toString (XmlParser .class.get ResourceAs Stream("/s ampleRDKFh ir-Patient AndPatient _dstu2_bun dle.json") );
  252           Bu ndle bundl e = (Bundl e) p.parse Resource(m sg);
  253  
  254           //  --------- ---------- ---------- ----
  255           //  LOOP THRO UGH ALL EN TRIES
  256           //  extract e ach RESOUR CE and add  to new bu ndle.
  257           //  --------- ---------- ---------- ----
  258           Li st<Entry>  entries =  bundle.get Entry();
  259  
  260           fo r (Entry e  : entries ) {
  261                IResourc e resource  = e.getRe source();
  262  
  263                log.trac e("\n..... ........ P ARSING BUN DLE....... ......");
  264                log.trac e("FIRST R ESOURCE NA ME: " + re source.get ResourceNa me());
  265                log.trac e(resource .getResour ceMetadata ().toStrin g());
  266                bundleou t.addEntry ().setReso urce(resou rce);
  267  
  268                log.trac e("ADDING:  " + resou rce.getTex t().getDiv ().toStrin g());
  269           }
  270  
  271           //  PRINT OUT  NEW BUNDL E bundleou t
  272           ou tstr = Fhi rUtils.new JsonParser ().encodeR esourceToS tring(bund leout);
  273           lo g.trace("N EW BUNDLE  AFTER BUND LE(2):\n"  + outstr);
  274  
  275       }
  276  
  277       /**
  278        * NOT E: DEVELOP MENT TESTI NG ONLY.
  279        */
  280       @Ignor e("Develop ment Test  only")
  281       @Test
  282       public  void test MultiCalls OneSession () {
  283  
  284           lo g.trace("\ n\n======= ========== ====> TEST ING: testM ultiCallsO neSession  <========= ========== == ");
  285  
  286           Re sponse res ponse;
  287           St ring endpo int;
  288             String bas eEP = "htt p:// IP                /resource/ ";
  289  
  290           St ringBuilde r sb = new  StringBui lder();
  291  
  292           tr y {
  293  
  294                endpoint  = baseEP;
  295  
  296                List<Obj ect> provi ders = new  ArrayList <Object>() ;
  297                // provi ders.add(n ew
  298                // org.c odehaus.ja ckson.jaxr s.JacksonJ sonProvide r());
  299                provider s.add(new  com.faster xml.jackso n.jaxrs.js on.Jackson JsonProvid er());
  300  
  301                // ===== ========== ========== ========== ========== =======
  302                // AUTHE NTICATION  EP
  303                // ===== ========== ========== ========== ========== =======
  304                WebClien t client =  WebClient .create(en dpoint, pr oviders).p ath("{type }/{domain} ", "auth",  "authenti cation");
  305  
  306                // MAINT AIN SESSIO N for mult i request  using same  session(c ookie)
  307                WebClien t.getConfi g(client). getRequest Context(). put(org.ap ache.cxf.m essage.Mes sage.MAINT AIN_SESSIO N, Boolean .TRUE);
  308  
  309                  String bod y = "{" +  "\"accessC ode\": \" REDACTED \"," + "\" verifyCode \":\" REDACTED \"," + "\" site\":\"9 E7A\"," +  "\"divisio n\":\"500\ "" + "}";
  310  
  311                response  = client. accept(Med iaType.APP LICATION_J SON).type( MediaType. APPLICATIO N_JSON).po st(body);
  312  
  313                InputStr eam in = ( InputStrea m) respons e.getEntit y();
  314                InputStr eamReader  is = new I nputStream Reader(in) ;
  315  
  316                Buffered Reader br  = new Buff eredReader (is);
  317                String r ead = br.r eadLine();
  318  
  319                while (r ead != nul l) {
  320                    sb.a ppend(read );
  321                    read  = br.read Line();
  322                }
  323                br.close ();
  324  
  325                log.trac e("\n===>  sb size="  + sb.lengt h() + "\n"  + sb.toSt ring());
  326  
  327                // ===== ========== ========== ========== ========== =======
  328                // GETTI NG DEMOG
  329                // ===== ========== ========== ========== ========== =======
  330                client.r eset();
  331                client.p ath("{type }/{domain} /{pid}", " fhir", "pa tient", "1 0107V39591 2");
  332                response  = client. accept("ap plication/ json").typ e("applica tion/json" ).get();
  333  
  334                in = (In putStream)  response. getEntity( );
  335                is = new  InputStre amReader(i n);
  336  
  337                sb = new  StringBui lder();
  338                br = new  BufferedR eader(is);
  339                read = b r.readLine ();
  340                while (r ead != nul l) {
  341                    sb.a ppend(read );
  342                    read  = br.read Line();
  343                }
  344                log.trac e("\n===>  sb size="  + sb.lengt h() + "\n"  + sb.toSt ring());
  345  
  346                // ===== ========== ========== ========== ========== =======
  347                // GETTI NG ALLERGY
  348                // ===== ========== ========== ========== ========== =======
  349                client.r eset();
  350                client.p ath("{type }/{domain} ", "fhir",  "adverseR eaction"). query("sub ject.ident ifier", "1 0107V39591 2");
  351                response  = client. accept("ap plication/ json").typ e("applica tion/json" ).get();
  352  
  353                in = (In putStream)  response. getEntity( );
  354                is = new  InputStre amReader(i n);
  355  
  356                br = new  BufferedR eader(is);
  357                read = b r.readLine ();
  358  
  359                // INSER T JSON STA RTING NODE
  360                String a tomhdr = " {\"atom\": [";
  361                sb.inser t(0, atomh dr, 0, ato mhdr.lengt h());
  362  
  363                sb.appen d(","); //  ADDING co mma after  last domai n .. in pr ep for
  364                                 //  next doma in data se t
  365  
  366                // ADDIN G domain d ata to buf fer
  367                while (r ead != nul l) {
  368                    sb.a ppend(read );
  369                    read  = br.read Line();
  370                }
  371  
  372                // ===== ========== ========== ========== ========== =======
  373                // GETTI NG OBSERVA TION
  374                // ===== ========== ========== ========== ========== =======
  375                client.r eset();
  376                // clien t.back(tru e);
  377                client.p ath("{type }/{domain} ", "fhir",  "observat ion").quer y("subject .identifie r", "10107 V395912"). query("pro file", "CD S");
  378                response  = client. accept("ap plication/ json").typ e("applica tion/json" ).get();
  379  
  380                in = (In putStream)  response. getEntity( );
  381                is = new  InputStre amReader(i n);
  382  
  383                br = new  BufferedR eader(is);
  384                read = b r.readLine ();
  385  
  386                sb.appen d(","); //  ADDING co mma after  last domai n .. in pr ep for
  387                                 //  next doma in data se t
  388  
  389                // ADDIN G domain d ata to buf fer
  390                while (r ead != nul l) {
  391                    sb.a ppend(read );
  392                    read  = br.read Line();
  393                }
  394  
  395           }  catch (Mal formedURLE xception e ) {
  396                log.erro r(e.toStri ng());
  397                fail(e.g etMessage( ));
  398           }  catch (IOE xception e ) {
  399                log.erro r(e.toStri ng());
  400                fail(e.g etMessage( ));
  401           }
  402  
  403           sb .append("] }");
  404  
  405           lo g.trace("\ n===> sb s ize=" + sb .length()  + "\n" + s b.toString ());
  406       }
  407  
  408       @Ignor e("fails")
  409       @Test
  410       public  void test ParseConta ined() {
  411  
  412           lo g.trace("\ n\n======= ========== ====> TEST ING: testP arseContai ned <===== ========== ====== ");
  413  
  414           Fh irContext  c = FhirCo ntext.forD stu2();
  415           IP arser pars er = c.new JsonParser ().setPret tyPrint(tr ue);
  416  
  417           Ob servation  o = new Ob servation( );
  418           o. getCode(). setText("o bs text");
  419  
  420           Pa tient p =  new Patien t();
  421           p. addName(). addFamily( "patient f amily");
  422           o. getSubject ().setReso urce(p);
  423  
  424           St ring enc =  parser.en codeResour ceToString (o);
  425           lo g.trace(en c);
  426  
  427           o  = parser.p arseResour ce(Observa tion.class , enc);
  428           as sertEquals ("obs text ", o.getCo de().getTe xt());
  429  
  430           p  = (Patient ) o.getSub ject().get Resource() ;
  431           lo g.trace("p atient fam ily", p.ge tNameFirst Rep().getF amilyAsSin gleString( ));
  432       }
  433  
  434       /**
  435        * Tes t parsing  and valida ting a DST U2 bundle  of multipl e resource s data
  436        * res ponse (pro cessing a  captured d ata from R DK run)
  437        * 
  438        * @th rows IOExc eption
  439        */
  440       @Ignor e("fails")
  441       @Test
  442       public  void test ExtractRes ourcesAndB uildBundle () throws  Interrupte dException , IOExcept ion {
  443  
  444           lo g.trace("\ n\n======= ========== ====> TEST ING: testE xtractReso urcesAndBu ildBundle  <========= ========== == ");
  445  
  446           St ring msg;
  447           Bu ndle bundl eIn;
  448           Bu ndle bundl eOut = new  Bundle();
  449           //  --------- ---------- ---------- ---------- ---------- --
  450           Fh irValidato r val = Fh irUtils.ge tContext() .newValida tor();
  451           va l.setValid ateAgainst StandardSc hema(true) ;
  452           va l.setValid ateAgainst StandardSc hematron(f alse);
  453  
  454           ja va.util.UU ID uuid =  java.util. UUID.rando mUUID();
  455           bu ndleOut.se tId(new Id Dt(uuid.to String())) ;
  456  
  457           bu ndleOut.se tType(Bund leTypeEnum .COLLECTIO N);
  458           Va lidationRe sult valid ationResul ta = val.v alidateWit hResult(bu ndleOut);
  459           as sertTrue(" Validating  Initial B undle", va lidationRe sulta.isSu ccessful() );
  460  
  461           //  --------- ---------- -------
  462           //  PREP HAPI  CONTEXT A ND PARSER
  463           //  --------- ---------- -------
  464  
  465           IP arser p =  FhirUtils. newJsonPar ser().setP rettyPrint (true);
  466  
  467           //  --------- ---------- ---------- --------
  468           //  Read in D STU2 bundl e of 1 res ources
  469           //  --------- ---------- ---------- --------
  470           ms g = IOUtil s.toString (XmlParser .class.get ResourceAs Stream("/s ampleRDKFh ir-Patient _dstu2.jso n"));
  471           IR esource re sourceIn =  p.parseRe source(msg );
  472  
  473           in stance.add SingleReso urce(FhirU tils.getCo ntext(), r esourceIn,  bundleOut );
  474  
  475           St ring outst r = p.enco deResource ToString(b undleOut);
  476           lo g.trace("\ n\nNEW BUN DLE AFTER  BUNDLE(1): \n" + outs tr);
  477  
  478           as sertTrue(" A Bundle w ith 1 reso urce added  successsf ully!", bu ndleOut.ge tEntry().s ize() == 1 );
  479  
  480           //  now part  of observa tion
  481           //  --------- ---------- ---------- --------
  482           //  Read in D STU2 bundl e of 2 res ources
  483           //  --------- ---------- ---------- --------
  484           ms g = IOUtil s.toString (XmlParser .class.get ResourceAs Stream("/s ampleRDKFh ir-HealthF actors.jso n"));
  485           bu ndleIn = ( Bundle) p. setPrettyP rint(true) .parseReso urce(msg);
  486  
  487           in stance.add Resources( FhirUtils. getContext (), bundle In, bundle Out);
  488  
  489           //  --------- ---------- ---------- --------
  490           //  PRINT OUT  NEW BUNDL E bundleou t
  491           //  --------- ---------- ---------- --------
  492           ou tstr = p.e ncodeResou rceToStrin g(bundleOu t);
  493           lo g.trace("N EW BUNDLE  AFTER BUND LE(2):\n"  + outstr);
  494  
  495           as sertTrue(" Another Bu ndle with  2 resource s added su ccesssfull y!", bundl eOut.getEn try().size () == 3);
  496  
  497           //  --------- ---------- ---------- ---------- ---------- --
  498           //  Setup the  schema fo r validati ng
  499           //  and VALID ATE the ne wly create d bundle:  bundleOut
  500  
  501           Va lidationRe sult valid ationResul t = val.va lidateWith Result(bun dleOut);
  502           as sertTrue(" Validating  created f inal Json" , validati onResult.i sSuccessfu l());
  503  
  504       }
  505  
  506       /**
  507        * 
  508        * @th rows IOExc eption
  509        */
  510       @Ignor e
  511       @Test
  512       public  void test HAPIParser AndValidat e_DSTU2()  throws IOE xception {
  513  
  514           lo g.trace("\ n\n======= ========== ====> TEST ING: testH APIParserA ndValidate _DSTU2 <== ========== =========  ");
  515  
  516           St ring msg;
  517           Va lidationRe sult valid ationResul t;
  518  
  519           //  --------- ---------- -------
  520           //  PARSE ent ry fom rep sonse
  521           //  --------- ---------- -------
  522           Fh irContext  fhirCtx =  FhirUtils. getContext ();
  523           IP arser p =  FhirUtils. newJsonPar ser().setP rettyPrint (true);
  524  
  525           //  --------- ---------- -------
  526           //  Setup the  schema fo r validati ng
  527           //  --------- ---------- -------
  528           Fh irValidato r val = fh irCtx.newV alidator() ;
  529           va l.setValid ateAgainst StandardSc hema(true) ;
  530           va l.setValid ateAgainst StandardSc hematron(t rue);
  531  
  532           //  --------- ---------- ---------- ------
  533           //  Parsing &  Validatin g a Bundle  json
  534           //  --------- ---------- ---------- ------
  535           ms g = IOUtil s.toString (XmlParser .class.get ResourceAs Stream("/s ampleRDKFh ir-Conditi on.json")) ;
  536           Bu ndle bundl e = (Bundl e) p.parse Resource(m sg);
  537  
  538           va lidationRe sult = val .validateW ithResult( bundle);
  539  
  540           //  IResource  res = p.p arseResour ce(msg);
  541           //  validatio nResult =  val.valida teWithResu lt(res);
  542           if  (!validat ionResult. isSuccessf ul()) {
  543                log.erro r("Validat ion Failed !");
  544                log.erro r(".......  VALIDATIN G Conditio n: Total I ssues = "  + validati onResult.g etOperatio nOutcome() .getIssue( ).size() +  "........ .........\ n");
  545                for (Bas eIssue iss ue : valid ationResul t.getOpera tionOutcom e().getIss ue()) {
  546                    log. error(issu e.getDetai lsElement( ).getValue AsString() );
  547                }
  548                log.erro r("....... .......... .......... .......... .......... ......\n") ;
  549           }
  550           as sertTrue(" Validation  failed: " , validati onResult.i sSuccessfu l());
  551  
  552       }
  553  
  554       /**
  555        * Tes t used for  quick PAR SING and V ALIDATING  of a Bundl e JSON str ing.
  556        */
  557       @Ignor e("Develop ment Test  only")
  558       @Test
  559       public  void test Validate()  throws Un supportedE ncodingExc eption {
  560  
  561           //  --------- ---------- ---------- ---------- -
  562           //  can read  data in fr om a file  if it's LA RGE
  563           //  --------- ---------- ---------- ---------- -
  564           //  byte[] b  = Files.re adAllBytes (Paths.get ("src/test /resources ",
  565           //  "DataToVa lidate.jso n"));
  566  
  567           //  --------- ---------- ---------- ---------- -
  568           //  else repl ace inline  for a qui ckie check
  569           //  --------- ---------- ---------- ---------- -
  570           St ring s = " {\n" + "     \"resour ceType\":  \"Bundle\" ,\n" + "     \"id\":  \"a4a17e7a -874d-3279 -b663-4f47 b700f8cf\" ,\n" + "     \"type\" : \"collec tion\",\n"
  571                    + "     \"base\ ": \"http: //127.0.0. 1:8888/res ource/fhir /\",\n" +  "    \"ent ry\": [{\n " + "             \"r esource\":  {\n" + "                  \"res ourceType\ ": \"Obser vation\",\ n"
  572                    + "                  \"mod ifierExten sion\": [{ \n" + "                           \"url\":  \"http://o rg.cogniti ve.cds.inv ocation.fh ir.datanat ure\",\n"
  573                    + "                           \"value Code\": \" Input\"\n"  + "                      }, {\n " + "                          \ "url\": \" http://org .cognitive .cds.invoc ation.fhir .parameter name\",\n"
  574                    + "                           \"value String\":  \"Weight\" \n" + "                      }], \n" + "                  \"code\ ": {\n" +  "                      \"coding\ ": [{\n"
  575                    + "                               \"s ystem\": \ "http://lo inc.org\", \n" + "                               \"cod e\": \"294 63-7\"\n"  + "                          }]\ n" + "                  },\n"
  576                    + "                  \"val ueQuantity \": {\n" +  "                      \"value\ ": 180.5,\ n" + "                      \"co de\": \"Po unds\"\n"  + "                 } ,\n"
  577                    + "                  \"com ments\": \ "Comment\" ,\n" + "                  \"issu ed\": \"20 15-06-02T1 8:55:48.33 8-07:00\", \n" + "                  \"statu s\": \"pre liminary\" \n"
  578                    + "              }\n" + "         }]\ n" + "}";
  579           by te[] b = s .getBytes( Charset.fo rName("UTF -8"));
  580  
  581           //  --------- ---------- ---------- ---------- -
  582           //  PARSE Str ing into a  BUNDLE ob ject
  583           //  --------- ---------- ---------- ---------- -
  584           Fh irContext  fhirCtx =  FhirUtils. getContext ();
  585           IP arser pars er = FhirU tils.newJs onParser() .setPretty Print(true );
  586  
  587           Bu ndle bundl e = (Bundl e) parser. parseResou rce(new St ring(b, "U TF-8"));
  588  
  589           //  --------- ---------- ---------- ------
  590           //  Parsing &  Validatin g a Bundle  json
  591           //  --------- ---------- ---------- ------
  592           Fh irValidato r val = fh irCtx.newV alidator() ;
  593           va l.setValid ateAgainst StandardSc hema(true) ;
  594           va l.setValid ateAgainst StandardSc hematron(t rue);
  595  
  596           Va lidationRe sult valid ationResul t = val.va lidateWith Result(bun dle);
  597  
  598           //  --------- ---------- ---------- ------
  599           //  PRINT OUT  VALIDATIO N RESULTs
  600           //  --------- ---------- ---------- ------
  601           if  (validati onResult.g etOperatio nOutcome() .getIssue( ).size() >  0) {
  602                log.erro r(".......  VALIDATIN G: Total I ssues = "  + validati onResult.g etOperatio nOutcome() .getIssue( ).size() +  "........ .........\ n");
  603                for (Bas eIssue iss ue : valid ationResul t.getOpera tionOutcom e().getIss ue()) {
  604                    log. error(issu e.getDetai lsElement( ).getValue AsString() );
  605                }
  606                log.erro r("....... .......... .......... .......... .......... ......\n") ;
  607           }
  608       }
  609   }

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