914. EPMO Open Source Coordination Office Redaction File Detail Report

Produced by Araxis Merge on 10/3/2017 11:16:05 AM Central Daylight Time. See www.araxis.com for information about Merge. This report uses XHTML and CSS2, and is best viewed with a modern standards-compliant browser. For optimum results when printing this report, use landscape orientation and enable printing of background images and colours in your browser.

914.1 Files compared

# Location File Last Modified
1 ehmp.zip\ehmp\ehmp\product\production\vx-sync\tools\chemlab-resync chemlab-patient-util.js Mon Jul 10 17:46:22 2017 UTC
2 ehmp.zip\ehmp\ehmp\product\production\vx-sync\tools\chemlab-resync chemlab-patient-util.js Tue Oct 3 13:35:45 2017 UTC

914.2 Comparison summary

Description Between
Files 1 and 2
Text Blocks Lines
Unchanged 3 556
Changed 2 8
Inserted 0 0
Removed 0 0

914.3 Comparison options

Whitespace
Character case Differences in character case are significant
Line endings Differences in line endings (CR and LF characters) are ignored
CR/LF characters Not shown in the comparison detail

914.4 Active regular expressions

No regular expressions were active.

914.5 Comparison detail

  1   'use stric t';
  2  
  3   var fs = r equire('fs ');
  4   var util =  require(' util');
  5   var async  = require( 'async');
  6   var _ = re quire('und erscore');
  7   var reques t = requir e('request ');
  8  
  9  
  10   /*
  11   Load and p arse patie ntFile or  return an  empty obje ct if 'out putFile' d oes not ex ist.
  12  
  13   logger: A  bunyan-sty le logger
  14  
  15   outputFile : The name  and path  of the out putFile
  16  
  17   callback:  A standard  callback
  18  
  19   fileSystem : an optio nal overri de of the  'fs' file  system. Fo r this fun ction,
  20           th e object m ust implem ent exists Sync(file)  and readF ile(file,  options, c allback) f unctions.
  21   */
  22   function l oadPatient File(logge r, patient File, call back, file System) {
  23           fi leSystem =  fileSyste m || fs;
  24           lo gger.debug ('fetch-sy nced-patie nt-list.lo adPatientF ile(): pat ientFile:  %s', patie ntFile);
  25  
  26           if  (!fileSys tem.exists Sync(patie ntFile)) {
  27                    logg er.debug(' fetch-sync ed-patient -list.load PatientFil e(): retur n empty ob ject {}');
  28                    retu rn setTime out(callba ck, 0, nul l, {});
  29           }
  30  
  31           fi leSystem.r eadFile(pa tientFile,  'utf8', f unction(er ror, data)  {
  32                    logg er.debug(' fetch-sync ed-patient -list.load PatientFil e(): fs.re adFile() c allback');
  33                    if ( error) {
  34                             logger .error('Un able to lo ad patient  file: %s' , patientF ile);
  35                             logger .error(err or);
  36                             return  callback( error);
  37                    }
  38  
  39                    try  {
  40                             logger .debug('fe tch-synced -patient-l ist.loadPa tientFile( ): JSON.pa rse() file  contents' );
  41                             return  callback( null, JSON .parse(dat a));
  42                    } ca tch (parse Error) {
  43                             logger .error('Un able to pa rse patien t file: %s ', patient File);
  44                             logger .error(par seError);
  45                             return  callback( util.forma t('Unable  to parse p atientFile : %s', pat ientFile)) ;
  46                    }
  47           }) ;
  48   }
  49  
  50   /*
  51   Returns a  list of UI Ds of Chem Labs to us e when del eting from  JDS.
  52  
  53   logger: A  bunyan-sty le logger
  54  
  55   jdsConfig:  An object  of the fo rm:
  56   {
  57           pr otocol: pr otocol,
  58           ho st: host,
  59           po rt: port
  60   }
  61  
  62   identifier : A string  with a pa tient iden tifier val ue
  63  
  64   callback:  A standard  callback
  65  
  66   requestLib : An optio nal overri de of the  'request'  library fu nction of  the form:
  67           re questLib(o ptions, ca llback)
  68   */
  69   function f etchPatien tDodChemLa bUidList(l ogger, jds Config, id entifier,  callback,  requestLib ) {
  70           re questLib =  requestLi b || reque st;
  71           lo gger.debug ('fetch-sy nced-patie nt-list.fe tchPatient DodChemLab UidList()  identifier : %s', ide ntifier);
  72           lo gger.debug ('fetch-sy nced-patie nt-list.fe tchPatient DodChemLab UidList()  provided r equestLib? :', !!requ estLib);
  73  
  74           va r list;
  75  
  76           va r options  = {
  77                    url:  util.form at('%s://% s:%s/vpr/% s/index/la boratory?f ilter=and( eq("facili tyCode","D OD"),eq("c ategoryCod e","urn:va :lab-categ ory:CH"))' , jdsConfi g.protocol , jdsConfi g.host, jd sConfig.po rt, identi fier),
  78                    meth od: 'GET'
  79           };
  80  
  81           re turn reque stLib(opti ons, funct ion(error,  response,  body) {
  82                    if ( error || r esponse.st atusCode ! == 200) {
  83                             logger .error('Un able to fe tch DOD Ch emLab UID  list for p atient: %s ', identif ier);
  84                             logger .error(err or || resp onse.statu sCode);
  85                             return  callback( error || r esponse.st atusCode);
  86                    }
  87  
  88                    try  {
  89                             body =  JSON.pars e(body);
  90                             list =  _.map(bod y.data.ite ms, functi on(chemLab ) {
  91                                      return c hemLab.uid ;
  92                             });
  93                    } ca tch (parse Error) {
  94                             logger .error('Un able to pa rse JDS re sponse');
  95                             logger .error(par seError);
  96                             return  callback( parseError );
  97                    }
  98  
  99                    retu rn callbac k(null, li st);
  100           }) ;
  101   }
  102  
  103   /*
  104   var config  = {
  105       jds: {
  106           pr otocol: 'h ttp',
  107             host: ' IP          ',
  108             port:  PORT ,
  109           ti meout: 300 000
  110       }
  111   };
  112  
  113   example of  PatientLi st output:
  114   {
  115       items:  [
  116           {
  117                jpid: "0 003ee96-52 a3-47bc-87 7b-250cbda c703c",
  118                lastAcce ssTime: 20 1704280031 56,
  119                patientI dentifiers : [
  120                    "9E7 A;254",
  121                    "JPI D;0003ee96 -52a3-47bc -877b-250c bdac703c"
  122                ]
  123           },
  124           {
  125                jpid: "0 0133272-d5 58-457b-86 5b-4ee7b83 11c13",
  126                lastAcce ssTime: 20 1704280035 41,
  127                patientI dentifiers : [
  128                    "9E7 A;100065",
  129                    "JPI D;00133272 -d558-457b -865b-4ee7 b8311c13"
  130                ]
  131           }
  132       ]
  133   }
  134   */
  135   function f etchSynchr onizedPati entList(lo gger, jdsC onfig, all SyncedPati ents, call back, requ estLib) {
  136           re questLib =  requestLi b || reque st;
  137           lo gger.debug ('fetch-sy nced-patie nt-list.fe tchSynchro nizedPatie ntList() a llSyncedPa tients?: % s', allSyn cedPatient s);
  138           lo gger.debug ('fetch-sy nced-patie nt-list.fe tchSynchro nizedPatie ntList() p rovided re questLib?:  %s', !!re questLib);
  139  
  140           fu nction has DodChemLab s(identifi er, callba ck) {
  141                    fetc hPatientDo dChemLabUi dList(logg er, jdsCon fig, ident ifier, fun ction(erro r, result)  {
  142                             if (er ror) {
  143                                      return c allback(er ror);
  144                             }
  145  
  146                             return  callback( null, _.is Array(resu lt) && _.s ize(result ) > 0);
  147                    }, r equestLib) ;
  148           }
  149  
  150           va r list;
  151  
  152           va r options  = {
  153                    url:  util.form at('%s://% s:%s%s', j dsConfig.p rotocol, j dsConfig.h ost, jdsCo nfig.port,  '/vpr/all /patientli st'),
  154                    meth od: 'GET'
  155           };
  156  
  157           //  First fet ch all of  the synced  patient i dentifiers
  158           re turn reque stLib(opti ons, funct ion(error,  response,  body) {
  159                    if ( error || r esponse.st atusCode ! == 200) {
  160                             logger .error('fe tch-synced -patient-l ist.fetchS ynchronize dPatientLi st() Unabl e to fetch  patient l ist');
  161                             logger .error(err or || resp onse.statu sCode !==  200);
  162                             return  callback( error || r esponse.st atusCode ! == 200);
  163                    }
  164  
  165                    try  {
  166                             logger .debug('fe tch-synced -patient-l ist.fetchS ynchronize dPatientLi st() full  response:  %s', body) ;
  167                             body =  JSON.pars e(body);
  168                             list =  _.map(bod y.items, f unction(pa tientInfo)  {
  169                                      // Get t he first p atientIden tifier val ue since a ny will wo rk in foll owing step s.
  170                                      return _ .first(pat ientInfo.p atientIden tifiers);
  171                             });
  172  
  173                             logger .debug('fe tch-synced -patient-l ist.fetchS ynchronize dPatientLi st() list  of first i dentifiers : %s', lis t);
  174                    } ca tch (parse Error) {
  175                             logger .error('fe tch-synced -patient-l ist.fetchS ynchronize dPatientLi st() Unabl e to parse  patient l ist');
  176                             logger .error(par seError);
  177                             return  callback( parseError );
  178                    }
  179                    // i f allSynce dPatients  === true t hen return  all synce d patients
  180                    if ( allSyncedP atients) {
  181                             return  callback( null, list );
  182                    }
  183  
  184                    // f ilter sync ed patient s to only  return tho se with DO D ChemLabs
  185                    asyn c.filterLi mit(list,  5, hasDodC hemLabs, c allback);
  186           }) ;
  187   }
  188  
  189  
  190   /*
  191   Create a J SON file w ith the li st of pati ent identi fiers with  a value
  192   of true or  false, wh ere 'true'  means the  patient w as already  processed .
  193   This value  should be  set by an other util ity when t he work on  that part icular
  194   patient is  complete.  This is t o minimize  reprocess ing patien ts.
  195  
  196   {
  197           "9 E7A;3": fa lse,
  198           "9 E7A;8": fa lse
  199   }
  200  
  201  
  202   jdsConfig:  JDS conne ction info rmation. T his object  should be  of the fo rm:
  203   {
  204       "proto col": "htt p",
  205         "host": " IP          ",
  206         "port": " PORT ",
  207   }
  208  
  209   outputFile : The path  to the fi le contain ing all of  the relev ant patien t data and
  210   the proces sing statu s for each . This fil e will be  a JSON obj ect with t he same
  211   structure  as the 'ex istingPati entData' o bject.
  212  
  213   allSyncedP atients: A  boolean t o determin e whether  or not to  filter out  patients
  214       that d o not have  DOD ChemL ab data. I f 'true' A LL synced  patients w ill be
  215       return ed regardl ess of whe ther of no t they hav e DOD Chem Labs.
  216  
  217   callback:  A standard  callback
  218  
  219   fileSystem : An optio nal overri de of the  'fs' file  system. Fo r this fun ction,
  220           th e object m ust implem ent writeF ile(file,  content, o ptions, ca llback) fu nction.
  221  
  222   loadFuncti on: An opt ional over ride of th e loadPati entFile()  function d efined in  this
  223           fi le to simp lify unit  testing.
  224  
  225   fetchFunct ion: An op tional ove rride of t he fetchSy nchronized PatientLis t() functi on defined
  226           in  this file  to simpli fy unit te sting.
  227   */
  228   function c reatePatie ntList(log ger, jdsCo nfig, outp utFile, ap pend, allS yncedPatie nts, callb ack, fileS ystem, loa dFunction,  fetchFunc tion) {
  229           fi leSystem =  fileSyste m || fs;
  230           lo adFunction  = loadFun ction || l oadPatient File;
  231           fe tchFunctio n = fetchF unction ||  fetchSync hronizedPa tientList;
  232           lo gger.debug ('fetch-sy nced-patie nt-list.cr eatePatien tList() ap pend? %s   jdsConfig:  %j', appe nd, jdsCon fig);
  233           lo gger.debug ('fetch-sy nced-patie nt-list.cr eatePatien tList() pr ovided fil eSystem?:  %s', !!fil eSystem);
  234  
  235           if (!append)  {
  236                    load Function =  function( logger, pa tientFile,  callback)  {
  237                             logger .debug('fe tch-synced -patient-l ist.create PatientLis t() append  is false  so return  {}');
  238                             setTim eout(callb ack, 0, nu ll, {});
  239                    };
  240           }
  241  
  242           lo adFunction (logger, o utputFile,  function( error, exi stingPatie ntData) {
  243                    if(e rror) {
  244                             logger .error('fe tch-synced -patient-l ist.create PatientLis t() Unable  to load f ile: %s',  outputFile );
  245                             return  callback( error);
  246                    }
  247  
  248                    fetc hFunction( logger, jd sConfig, a llSyncedPa tients, fu nction(err or, result ) {
  249                             if (er ror) {
  250                                      logger.e rror('Unab le to fetc h patient  list from  %s://%s:%s ', jdsConf ig.protoco l, jdsConf ig.host, j dsConfig.p ort);
  251                                      logger.e rror(error );
  252                                      return c allback(er ror);
  253                             }
  254  
  255                             var pa tients = { };
  256                             _.each (result, f unction(pi d) {
  257                                      patients [pid] = fa lse;
  258                             });
  259  
  260                             patien ts = _.def aults(exis tingPatien tData, pat ients);
  261                             var fi leOutput =  JSON.stri ngify(pati ents);
  262  
  263                             fileSy stem.write File(outpu tFile, fil eOutput, ' utf8', fun ction(erro r) {
  264                                      logger.d ebug('fetc h-synced-p atient-lis t.createPa tientList( ): fs.writ eFile() ca llback');
  265                                      if (erro r) {
  266                                               logger.err or('Unable  to write  patient fi le: %s', o utputFile) ;
  267                                               logger.err or(error);
  268                                               return cal lback(erro r);
  269                                      }
  270  
  271                                      logger.d ebug('fetc h-synced-p atient-lis t.createPa tientList( ): patient s written  to file: % s', output File);
  272                                      return c allback();
  273                             });
  274                    });
  275           }) ;
  276   }
  277  
  278  
  279   module.exp orts.loadP atientFile  = loadPat ientFile;
  280   module.exp orts.fetch PatientDod ChemLabUid List = fet chPatientD odChemLabU idList;
  281   module.exp orts.fetch Synchroniz edPatientL ist = fetc hSynchroni zedPatient List;
  282   module.exp orts.creat ePatientLi st = creat ePatientLi st;

Araxis Merge (but not the data content of this report) is Copyright © 1993-2016 Araxis Ltd (www.araxis.com). All rights reserved.