67. EPMO Open Source Coordination Office Redaction File Detail Report

Produced by Araxis Merge on 7/20/2018 12:56:46 PM Central Daylight Time. See www.araxis.com for information about Merge. This report uses XHTML and CSS2, and is best viewed with a modern standards-compliant browser. For optimum results when printing this report, use landscape orientation and enable printing of background images and colours in your browser.

67.1 Files compared

# Location File Last Modified
1 CTT_Release_8_June_2018.zip\CTT_ISAAC-term-convert-rxnorm\rxnorm-ibdf\rxnorm pom.xml Tue Jul 17 16:27:27 2018 UTC
2 CTT_Release_8_June_2018.zip\CTT_ISAAC-term-convert-rxnorm\rxnorm-ibdf\rxnorm pom.xml Wed Jul 18 15:43:15 2018 UTC

67.2 Comparison summary

Description Between
Files 1 and 2
Text Blocks Lines
Unchanged 2 1412
Changed 1 2
Inserted 0 0
Removed 0 0

67.3 Comparison options

Whitespace
Character case Differences in character case are significant
Line endings Differences in line endings (CR and LF characters) are ignored
CR/LF characters Not shown in the comparison detail

67.4 Active regular expressions

No regular expressions were active.

67.5 Comparison detail

  1   <?xml 
  2     version="1 .0" 
  3     encoding=" UTF-8"
  4   ?>
  5   <project 
  6     xmlns="htt p://maven. apache.org /POM/4.0.0
  7     xmlns:xsi= "http://ww w.w3.org/2 001/XMLSch ema-instan ce" 
  8           
  9     xsi:schema Location=" http://mav en.apache. org/POM/4. 0.0 http:/ /maven.apa che.org/xs d/maven-4. 0.0.xsd"
  10   >
  11             
  12     <modelVers ion>
  13      4.0.0
  14     </modelVer sion>
  15    
  16             
  17     <groupId>
  18      gov.vha.is aac.termin ology.conv erted
  19     </groupId>
  20             
  21     <artifactI d>
  22      rxnorm-ibd f
  23     </artifact Id>
  24             
  25     <!-- this  should be  set to ${s ourceData. version}-l oader-${lo ader.versi on} but th at doesn't  appease t he maven g ods that k now best.. ..
  26                      will  leave it  as is for  now, and i gnore the  warnings.  -->
  27             
  28     <version>
  29      ${sourceDa ta.version }-loader-$ {loader.ve rsion}
  30     </version>
  31             
  32     <packaging >
  33      pom
  34     </packagin g>
  35    
  36             
  37     <name>
  38      RxNorm to  ibdf Artif act Conver ter
  39     </name>
  40    
  41             
  42     <propertie s>
  43                       
  44      <sourceDat a.version>
  45       2018.02.05
  46      </sourceDa ta.version >
  47                       
  48      <snomed.ve rsion>
  49       20170731T1 50000Z-loa der-3.12
  50      </snomed.v ersion>
  51              
  52      <!-- We ne ed a snome d file to  do the con version.   This isn't  included  in the out put -->
  53                       
  54      <metadata. version>
  55       8.0.2
  56      </metadata .version>
  57                       
  58      <!-- and m etadata.   This isn't  included  in the out put -->
  59                       
  60      <loader.ve rsion>
  61       5.11
  62      </loader.v ersion>
  63                       
  64      <!-- For n o classifi er, leave  this blank -->
  65                       
  66      <resultArt ifactClass ifier>
  67      </resultAr tifactClas sifier>
  68              
  69     </properti es>
  70             
  71             
  72     <scm>
  73                       
  74      <url>
  75       https://gi thub.com/V A-CTT/ISAA C-term-con vert-rxnor m.git
  76      </url>
  77              
  78     </scm>
  79             
  80             
  81     <licenses>
  82                       
  83      <license>
  84                                 
  85       <name>
  86        The Apache  Software  License, V ersion 2.0
  87       </name>
  88                                 
  89       <url>
  90        http://www .apache.or g/licenses /LICENSE-2 .0.txt
  91       </url>
  92                                 
  93       <distribut ion>
  94        repo
  95       </distribu tion>
  96                                 
  97       <comments>
  98        Copyright  Notice
  99                                           This is  a work of  the U.S. G overnment  and is not  subject t o copyrigh t
  100                                           protecti on in the  United Sta tes. Forei gn copyrig hts may ap ply.
  101                                  
  102       </comments >
  103                        
  104      </license>
  105                       
  106      <license>
  107                                 
  108       <name>
  109        RxNorm / U MLS licens e
  110       </name>
  111                                 
  112       <url>
  113        https://ut s.nlm.nih. gov/licens e.html
  114       </url>
  115                                 
  116       <comments>
  117        The RxNorm  content p ackaged by  this modu le is gove rned licen sed by the  National  Library of  Medicine,  Departmen t of Healt h and Huma n Services
  118       </comments >
  119                        
  120      </license>
  121              
  122     </licenses >
  123             
  124             
  125     <organizat ion>
  126                       
  127      <name>
  128       U.S. Depar tment of V eterans Af fairs
  129      </name>
  130                       
  131      <url>
  132       www.va.gov
  133      </url>
  134              
  135     </organiza tion>
  136             
  137             
  138     <developer s>
  139                       
  140      <developer >
  141                                 
  142       <propertie s>
  143                                           
  144        <info>
  145         For a list ing of dev elopers, c lone the p roject and  execute ' git shortl og -sn'
  146        </info>
  147                                  
  148       </properti es>
  149                        
  150      </develope r>
  151              
  152     </develope rs>
  153             
  154             
  155     <issueMana gement>
  156                       
  157      <system>
  158       Jazz
  159      </system>
  160                       
  161      <url>
  162       https:// URL                       /ccm/web/p rojects/CT T (CM)
  163      </url>
  164              
  165     </issueMan agement>
  166    
  167             
  168     <dependenc ies>
  169                       
  170      <dependenc y>
  171                                 
  172       <groupId>
  173        gov.vha.is aac.termin ology.conv erters
  174       </groupId>
  175                                 
  176       <artifactI d>
  177        rxnorm-moj o
  178       </artifact Id>
  179                                 
  180       <version>
  181        ${loader.v ersion}
  182       </version>
  183                                 
  184       <scope>
  185        compile
  186       </scope>
  187                                 
  188       <optional>
  189        true
  190       </optional >
  191         
  192       <!-- Not n eeded at r untime -->
  193                        
  194      </dependen cy>
  195                       
  196                       
  197      <!-- Metad ata -->
  198                       
  199      <dependenc y>
  200                                 
  201       <groupId>
  202        gov.vha.is aac.ochre. modules
  203       </groupId>
  204                                 
  205       <artifactI d>
  206        ochre-meta data
  207       </artifact Id>
  208                                 
  209       <classifie r>
  210        all
  211       </classifi er>
  212                                 
  213       <version>
  214        ${metadata .version}
  215       </version>
  216                                 
  217       <type>
  218        ibdf.zip
  219       </type>
  220                                 
  221       <optional>
  222        true
  223       </optional >
  224        
  225       <!-- Not n eeded at r untime / t ransitivel y -->
  226                        
  227      </dependen cy>
  228     
  229                       
  230      <!-- Snome d -->
  231                       
  232      <dependenc y>
  233                                 
  234       <groupId>
  235        gov.vha.is aac.termin ology.conv erted
  236       </groupId>
  237                                 
  238       <artifactI d>
  239        rf2-ibdf-s ct
  240       </artifact Id>
  241                                 
  242       <version>
  243        ${snomed.v ersion}
  244       </version>
  245                                 
  246       <type>
  247        ibdf.zip
  248       </type>
  249                                 
  250       <classifie r>
  251        Full
  252       </classifi er>
  253                                 
  254       <optional>
  255        true
  256       </optional >
  257        
  258       <!-- Not n eeded at r untime / t ransitivel y -->
  259                                 
  260       <scope>
  261        compile
  262       </scope>
  263                        
  264      </dependen cy>
  265              
  266     </dependen cies>
  267    
  268             
  269     <build>
  270                       
  271      <plugins>
  272                                 
  273       <!-- Get s ource file s from arc hiva -->
  274                                 
  275       <plugin>
  276                                           
  277        <groupId>
  278         org.apache .maven.plu gins
  279        </groupId>
  280                                           
  281        <artifactI d>
  282         maven-depe ndency-plu gin
  283        </artifact Id>
  284                                           
  285        <execution s>
  286                                                    
  287         <execution >
  288                                                              
  289          <id>
  290           fetch-rxno rm-src
  291          </id>
  292                                                              
  293          <phase>
  294           generate-s ources
  295          </phase>
  296                                                              
  297          <goals>
  298                                                                        
  299           <goal>
  300            unpack
  301           </goal>
  302                                                               
  303          </goals>
  304                                                              
  305          <configura tion>
  306                                                                        
  307           <artifactI tems>
  308                                                                                  
  309            <artifactI tem>
  310                                                                                            
  311             <groupId>
  312              gov.vha.is aac.termin ology.sour ce.rxnorm
  313             </groupId>
  314                                                                                            
  315             <artifactI d>
  316              rxnorm-src -data
  317             </artifact Id>
  318                                                                                            
  319             <version>
  320              ${sourceDa ta.version }
  321             </version>
  322                                                                                            
  323             <type>
  324              zip
  325             </type>
  326                                                                                   
  327            </artifact Item>
  328                                                                         
  329           </artifact Items>
  330                                                                        
  331           <outputDir ectory>
  332            ${project. build.dire ctory}/gen erated-res ources/src
  333           </outputDi rectory>
  334                                                               
  335          </configur ation>
  336                                                     
  337         </executio n>
  338                                                    
  339         <execution >
  340                                                              
  341          <id>
  342           unpack-ibd f
  343          </id>
  344                                                              
  345          <phase>
  346           generate-s ources
  347          </phase>
  348                                                              
  349          <goals>
  350                                                                        
  351           <goal>
  352            unpack-dep endencies
  353           </goal>
  354                                                               
  355          </goals>
  356                                                              
  357          <configura tion>
  358                                                                        
  359           <includeAr tifactIds>
  360            rf2-ibdf-s ct,ochre-m etadata
  361           </includeA rtifactIds >
  362                                                                        
  363           <outputDir ectory>
  364            ${project. build.dire ctory}/gen erated-res ources/src /ibdf
  365           </outputDi rectory>
  366                                                               
  367          </configur ation>
  368                                                     
  369         </executio n>
  370                                            
  371        </executio ns>
  372                                  
  373       </plugin>
  374                                 
  375                                 
  376       <plugin>
  377                                           
  378        <!-- metad ata we wan t in the o utput pack age -->
  379                                           
  380        <groupId>
  381         org.apache .maven.plu gins
  382        </groupId>
  383                                           
  384        <artifactI d>
  385         maven-antr un-plugin
  386        </artifact Id>
  387                                           
  388        <version>
  389         1.8
  390        </version>
  391                                           
  392        <execution s>
  393                                                    
  394         <execution >
  395                                                              
  396          <id>
  397           write-pom- properties
  398          </id>
  399                                                              
  400          <phase>
  401           validate
  402          </phase>
  403                                                              
  404          <configura tion>
  405                                                                        
  406           <target>
  407                                                                                  
  408            <echoprope rties 
  409             destfile=" ${project. build.dire ctory}/pom .propertie s" 
  410            />
  411                                                                         
  412           </target>
  413                                                               
  414          </configur ation>
  415                                                              
  416          <goals>
  417                                                                        
  418           <goal>
  419            run
  420           </goal>
  421                                                               
  422          </goals>
  423                                                     
  424         </executio n>
  425                                            
  426        </executio ns>
  427                                  
  428       </plugin>
  429      
  430                                 
  431       <plugin>
  432                                           
  433        <groupId>
  434         gov.vha.is aac.termin ology.conv erters
  435        </groupId>
  436                                           
  437        <artifactI d>
  438         rxnorm-moj o
  439        </artifact Id>
  440                                           
  441        <version>
  442         ${loader.v ersion}
  443        </version>
  444                                           
  445        <execution s>
  446                                                    
  447         <execution >
  448                                                              
  449          <id>
  450           convert-rx norm-to-ib df
  451          </id>
  452                                                              
  453          <goals>
  454                                                                        
  455           <goal>
  456            convert-rx norm-to-ib df
  457           </goal>
  458                                                               
  459          </goals>
  460                                                              
  461          <configura tion>
  462                                                                        
  463           <inputFile Location>
  464            ${project. build.dire ctory}/gen erated-res ources/src /
  465           </inputFil eLocation>
  466                                                                        
  467                                                                        
  468           <!--
  469                                                                                 An opt ional list  of TTY ty pes which  should be  included.   If no sel ection is  made, conc epts are c reated fro m all CUIs  that"
  470                                                                                 match  the SAB se lection li st.  If pr ovided, we  only crea te concept s where th e RxCUI ha s an entry  with a TT Y that mat ches one"
  471                                                                                 or mor e of the T TY's provi ded here.   Providing  a small s et of TTYs  here will  drastical ly reduce  the amount  of conten t imported
  472                                                                                 from R xNorm.  Th e default  here is to  not make  any select ion.
  473                                                                        -->
  474                                                                        
  475           <!--
  476                                                                        <tty Restrictio ns>
  477                                                                                 <ttyRe striction> IN</ttyRes triction>
  478                                                                                 <ttyRe striction> SCD</ttyRe striction>
  479                                                                                 <ttyRe striction> SCDF</ttyR estriction >
  480                                                                                 <ttyRe striction> SCDG</ttyR estriction >
  481                                                                                 <ttyRe striction> DF</ttyRes triction>
  482                                                                                 <ttyRe striction> SBD</ttyRe striction>
  483                                                                                 <ttyRe striction> BN</ttyRes triction>
  484                                                                        </tt yRestricti ons>
  485                                                                        -->
  486                                                                        
  487           <!--
  488                                                                                 An opt ional list  of SABs w hich shoul d be inclu ded.  We a lways incl ude the SA B RXNORM.   Use this  parameter  to specify  others to  include.
  489                                                                                 If SNO MEDCT_US i s included , then a s nomed CT i bdf file m ust be pre sent - sno med CT is  not loaded  from RxNo rm, but ra ther, link ed to the 
  490                                                                                 provid ed SCT IBD F file.
  491                                                                        --> 
  492                                                                        
  493           <sabsToInc ludes>
  494                                                                                  
  495            <!-- Sabs  required b y Fileman  effort -->
  496                                                                                  
  497            <sabsToInc lude>
  498             ATC
  499            </sabsToIn clude>
  500                                                                                  
  501            <sabsToInc lude>
  502             MMSL
  503            </sabsToIn clude>
  504                                                                                  
  505            <sabsToInc lude>
  506             NDDF
  507            </sabsToIn clude>
  508                                                                                  
  509            <sabsToInc lude>
  510             VANDF
  511            </sabsToIn clude>
  512                                                                                  
  513                                                                                  
  514                                                                                  
  515            <!-- The r est of the  SABS off  by default  for now-- >
  516                                                                                  
  517            <sabsToInc lude>
  518             GS
  519            </sabsToIn clude>
  520                                                                                  
  521            <sabsToInc lude>
  522             MDDB
  523            </sabsToIn clude>
  524                                                                                  
  525            <sabsToInc lude>
  526             MMX
  527            </sabsToIn clude>
  528                                                                                  
  529            <sabsToInc lude>
  530             MSH
  531            </sabsToIn clude>
  532                                                                                  
  533            <sabsToInc lude>
  534             MTHCMSFRF
  535            </sabsToIn clude>
  536                                                                                  
  537            <sabsToInc lude>
  538             MTHSPL
  539            </sabsToIn clude>
  540                                                                                  
  541            <sabsToInc lude>
  542             NDFRT
  543            </sabsToIn clude>
  544              
  545            <!-- Inclu de NDFRT f or VUIDs - ->
  546                                                                                  
  547            <sabsToInc lude>
  548             NDFRT_FDAS PL
  549            </sabsToIn clude>
  550                                                                                  
  551            <sabsToInc lude>
  552             NDFRT_FMTS ME
  553            </sabsToIn clude>
  554                                                                                  
  555            <sabsToInc lude>
  556             SNOMEDCT_U S
  557            </sabsToIn clude>
  558              
  559            <!-- Will  leave snom ed on, so  the linkag e code get s properly  tested -- >
  560                                                                                  
  561                                                                         
  562           </sabsToIn cludes>
  563                                                                        
  564           <!--Just a n example  -->
  565                                                                        
  566           <!--annota tionSkipLi st>
  567                                                                                 <annot ationSkipL ist>SPECIE S</annotat ionSkipLis t>
  568                                                                        </an notationSk ipList-->
  569                                                               
  570          </configur ation>
  571                                                     
  572         </executio n>
  573                                            
  574        </executio ns>
  575                                  
  576       </plugin>
  577                                 
  578                                 
  579       <plugin>
  580                                           
  581        <groupId>
  582         org.apache .maven.plu gins
  583        </groupId>
  584                                           
  585        <artifactI d>
  586         maven-asse mbly-plugi n
  587        </artifact Id>
  588                                           
  589        <version>
  590         3.0.0
  591        </version>
  592                                           
  593        <execution s>
  594                                                    
  595         <execution >
  596                                                              
  597          <id>
  598           attach-res ult
  599          </id>
  600                                                              
  601          <phase>
  602           package
  603          </phase>
  604                                                              
  605          <goals>
  606                                                                        
  607           <goal>
  608            single
  609           </goal>
  610                                                               
  611          </goals>
  612                                                              
  613          <configura tion>
  614                                                                        
  615           <descripto rs>
  616                                                                                  
  617            <descripto r>
  618             src/assemb ly/assembl y.xml
  619            </descript or>
  620                                                                         
  621           </descript ors>
  622                                                                        
  623           <attach>
  624            false
  625           </attach>
  626                                                                        
  627           <encoding>
  628            UTF-8
  629           </encoding >
  630                                                               
  631          </configur ation>
  632                                                     
  633         </executio n>
  634                                            
  635        </executio ns>
  636                                  
  637       </plugin>
  638      
  639                                 
  640       <plugin>
  641                                           
  642        <groupId>
  643         org.codeha us.mojo
  644        </groupId>
  645                                           
  646        <artifactI d>
  647         build-help er-maven-p lugin
  648        </artifact Id>
  649                                           
  650        <version>
  651         3.0.0
  652        </version>
  653                                           
  654        <execution s>
  655                                                    
  656         <execution >
  657                                                              
  658          <id>
  659           attach-art ifact
  660          </id>
  661                                                              
  662          <goals>
  663                                                                        
  664           <goal>
  665            attach-art ifact
  666           </goal>
  667                                                               
  668          </goals>
  669                                                              
  670          <configura tion>
  671                                                                        
  672           <artifacts >
  673                                                                                  
  674            <artifact>
  675                                                                                            
  676             <type>
  677              ibdf.zip
  678             </type>
  679                                                                                            
  680             <!-- Note  that the a ssembly pl ugin doesn 't use the  same clas sifier - w e hack the  classifie r it retur ns to be a  mis
  681                                                                                                     mash of cl assifier a nd part of  type.  So  there is  always a c lassifier  on the pro duced zip  file, even  if no cla ssifier
  682                                                                                                     was specif ied by the  user.  Du ring artif act attach ment, this  classifie r/type mes s is corre cted. -->
  683                                                                                            
  684             <file>
  685              ${project. build.dire ctory}/${p roject.bui ld.finalNa me}-.ibdf. zip
  686             </file>
  687                                                                                            
  688             <classifie r>
  689              ${resultAr tifactClas sifier}
  690             </classifi er>
  691                                                                                   
  692            </artifact >
  693                                                                         
  694           </artifact s>
  695                                                               
  696          </configur ation>
  697                                                     
  698         </executio n>
  699                                            
  700        </executio ns>
  701                                  
  702       </plugin>
  703                        
  704      </plugins>
  705              
  706     </build>
  707   </project>